动力学接触序_基于量子跃迁蛋白质折叠速率参数18145.pdfVIP

中国科学: 生命科学 2010 年 第40 卷 第9 期: 887 ~ 894 SCIENTIA SINICA Vitae SCIENCE CHINA PRESS 论 文 动力学接触序: 基于量子跃迁的蛋白质折叠速率 参数 ①② ①* 张颖 , 罗辽复 ① 内蒙古大学物理科学与技术学院理论生物物理研究室, 呼和浩特 010021; ② 内蒙古工业大学理学院物理实验中心, 呼和浩特 010051 * 联系人, E-mail: lolfcm@ 收稿日期: 2010-05-17; 接受日期: 2010-08-09 内蒙古自治区科学技术特别贡献奖励基金(2008)和内蒙古工业大学科学研究项目(批准号: ZD200917)资助 摘要 把蛋白质折叠看成多肽链上扭转态间的量子跃迁, 依据构象动力学的量子理论, 关键词 提出用接触残基间多肽链转动惯量和扭转势能来表征接触特性的动力学接触序, 从而能 转动惯量 动力学接触序 定量地从动力学角度研究蛋白质折叠速率. 在 80 个蛋白的数据集上实验, 证实了构象量 蛋白质折叠速率 子跃迁观点的合理性并得到以下结论: (1) 折叠速率与接触转动惯量之间存在显著相关 性; (2) 多态蛋白的折叠可以看成在同样转动惯量、温度等条件下的二态蛋白折叠基础上 的中间态延迟, 并估计了延迟时间的数量级; (3) 折叠可以分为释能和吸能两类, 蛋白质 折叠速率上限由释能折叠决定, 并导出大多数折叠速率大的二态蛋白的量子跃迁过程为 释能反应, 而折叠速率小的多态蛋白为吸能反应. 蛋白质折叠是蛋白质从变性态向天然态转变的 测, 进而增进对折叠机理的理解, 已成为分子生物学 过程, 该过程遵循自由能减小的规律. 即蛋白质在一 研究的重要课题. 定的时间内沿着某些特定路径(过渡态系综)达到其 目前, 对蛋白质折叠速率的理论研究仍主要停 自由能极小或最小的天然构象. 实验表明, 该过程中 留在唯象角度. 1998 年, Plaxco 等人[3]提出了一个基 有些蛋白质没有明显的中间态, 为全或无(all-or-none) 于结构的蛋白质折叠拓扑参数—— 相对接触序 过程, 称作“二态(two-state)”蛋白, 而有些蛋白质需 (relative contact order, RCO). Ivankov 等人[4]提出绝对 经过中间体的不断积累才能完成其折叠过程, 被称 接触序(absolute contact order, ACO), 及更为一般化 作“三态(three-state)或多态(multi-state)”蛋白. 折叠速 的尺度修正接触序(size-modified contact order, SMCO). 率从毫秒到小时量级, 有的蛋白折叠速率甚至达到 2004 年, Ivankov 和 Finkelstein[5]综合考虑了序列长 微秒量级[1,2]. 影响蛋白质折叠速率的因素很多, 如 度和二级结构对折叠速率的影响, 提出了有效长度 蛋白质的大小、稳定性及拓扑结构等. 尽管已有很多 参数(effective length, Leff). 还有各种由氨基酸序列 理论和实验工作被报道,