植物LTR类反转录转座子序列分析识别方法.pdfVIP

HEREDITAS (Beijing) 2012 11 , 34(11): 1491―1500 ISSN 0253-9772 技术与方法 DOI: 10.3724/SP.J.1005.2012.01491 植物LTR 类反转录转座子序列分析识别方法 1 1 2 侯小改 , 张曦 , 郭大龙 1. , 471003; 2. , 471003 LTR 类反转录转座子(Long terminal repeat retrotransponson)是真核生物中的一类重要转座元件, 具有分 布广泛、异质性高等特点, 在真核生物基因组进化中起着重要作用, 现广泛应用于植物的基因功能分析和遗传 多样性研究等方面。LTR 类反转录转座子的序列识别是其应用的前提条件, 因此对LTR 类反转录转座子的序 列鉴定和分析方法的研究具有重要的理论意义和实际应用价值。LTR 类反转录转座子序列的生物信息学分析软 件按原理可大致分为序列比对分析和相关序列保守区域识别鉴定两类。比对软件如BLAST 、DNAstar 等, 是一 种序列相似性搜索程序, 通过与已知的反转录转座子序列比对后的序列相似性来判断未知序列是否是反转录 转座子序列, 但这类软件不能直接获得具体的LTR 等特征序列的相关信息, 不能对反转录转座子序列的全长进 行识别。识别鉴定软件按原理可分为从头算起法、比较基因组法、同源搜索法和结构基础法4 种, 如LTR-Finder 等基于从头算起法的识别鉴定软件, 可对LTR 类反转录转座子全序列进行较准确地预测和注释, RepeatMasker 等基于同源搜索法的软件, 通过与数据库中的序列的相似性比对后发现可能存在的LTR 类反转录转座子。文章 对不同的 LTR 类反转录转座子预测方法进行了比较和分析, 在此基础上归纳总结出一套分析 LTR 类反转录转 座子序列的操作流程, 旨在为LTR 类反转录转座子序列的分析提供参考。 植物LTR 类反转录转座子; 序列比对; 软件分析; 遗传多样性 Identification and analysis methods of plant LTR retrotransposon sequences 1 1 2 HOU Xiao-Gai , ZHANG Xi , GUO Da-Long 1. College of Agriculture, Henan University of Science Technology, Luoyang 471003, China; 2. College of Forestry, Henan University of Science Technology, Luoyang 471003, China Abstract: LTR retrotransposons are an important class of eukaryotic transposable elements, which are ubiquitous and highly heterogeneous in plant and play a major role in genome evolution of eukaryote. They are now extensively employed in gene function and genetic diversity analyses. Identification of LTR retrotransposons is the precondition for its application. 收稿日期: 2012−07−24; 修回日期: 2012−09−02 基金项目: (3107