多核环境下的分子动力学模拟 SIMULATION OF MOLECULAR DYNAMICS IN MULTI-CORE ENVIRONMENT.pdfVIP

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2017-09-03 发布于湖北
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多核环境下的分子动力学模拟 SIMULATION OF MOLECULAR DYNAMICS IN MULTI-CORE ENVIRONMENT.pdf

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第30卷第10期工程热物理学报 2009年10月 JOURNALOFENGINEERINGTHERMOPHYSICSOct．，2009 多核环境下的分子动力学模拟杨爱贤吴江涛 (西安交通大学动力工程多相流国家重点实验室，陕西西安710049) 摘要本文在多核环境下，使用OpenMP实现了经典分子动力学模拟程序的并行；同时对分子动力学模拟进行了两项主要的优化：分子排序及运用SIMD指令运算。在4核下获得了4．13倍的计算性能提升，将经典分子动力学模拟的模拟规模提高至4000分子×107模拟总步数。关键词分子动力学模拟；OpenMP并行；多核中圈分类号：TKl23 文献标识码：A 文章编号：0253—231X(2009)10-1639-04 SIMULATIoNoFMoLECULARDYNAMICSINMUI』TI． CoREENVIRoNMENT YANGAi—XianWU Jiang-Tao in Xi’an of FlowPower (StateKeyLaboratoryMultiphase E且百neeringJiaotongUniversity,Ⅺ’an710049，China) AbstractA ofasimulationofa molecular parallelimplementation typical dynamicsusingOpenMP isrealizedinmultNcoreenvironment．Twomain data andSIMD optimizatio璐．moleculesorting out the instructions thesimulationofthemolecular carried to utilization，with dynamics according soRware．A of timeswitha4一core was thescaleof 4．13 updated performance processorachieved，and thesimulationofmolecular is to4000moleculesfor107time dynamicsexpended steps． wordsmolecular Key dynamics；simulation；OpenMPparallel；multi-core 0前言分子动力学模拟作为一种计算机模拟技术，准确性是其得以存在的前提条件，而其可行性(计算效特点：率)则是其得以应用和发展的基础。本文主要从可行性这个角度对分子动力学模拟展开研究。必须进行通信；分子模拟的模拟规模受到限制直接影响了模拟结果的精度。以最简单的Ar的模拟为例，现有的分逐渐降低，节点间的并行更大程度地受限于通信开子动力学模拟的绝大部分结果没有同实验值进销；行比较，少量的文献在几个点上进行了对比吐文角度看，具有高