利用系统发生足迹技术寻找巴西固氮螺菌基因组上的功能特征——基于局域网的并行实现.docVIP

利用系统发生足迹技术寻找巴西固氮螺菌 基因组上的功能特征 ----基于局域网的多机并行实现 姜 平 （烟台，山东，山东工商学院 信息与电子工程学院, 264005） 摘 要： 巴西固氮螺菌是重要的植物促生内生菌之一。为了研究其未知基因，在巴西固氮螺菌和与其同源的五个菌种之间进行系统发生足迹研究，编写软件由计算机完成整个研究过程。由于任务执行的串行性，效率较低。研究发现，整个过程包含了大量重复的、没有数据依赖的操作，如文本信息的提取，DNA序列的比较等。因此，提出了基于局域网的多机并行实现的思路，由服务器将任务分配给多台计算机并行执行,在充分利用资源的同时，显著提高了效率。 关键词： 巴西固氮螺菌； 同源； 系统发生足迹； 局域网； 并行 1 引言 1．1 巴西固氮螺菌 巴西固氮螺菌(Azospirillum brasilence)是重要的植物促生内生菌之一，其质体上的不同基因分别控制着其各种不同的特性。对巴西固氮螺菌的深入研究对我国农业的发展有着深远的影响。 在巴西固氮螺菌的sp7菌株里，发现了两个质体，分子量分别为115 MDa (p115) 和90 MDa (p90)。 实验表明：p115 质体会自发地从细菌细胞中消失，并且与原生型sp7比较，由p115的衍生物来代替p115没有造成任何表现型如细菌的运动性，化学向性等的差异，而对p90的替代却使得细菌不能正常生存。由此得出结