新吉细毛羊皮肤组织均一化全长cDNA文库构建及其ESTs生物信息学分析.pdfVIP

新吉细毛羊皮肤组织均一化全长 cDNA 文库的构建 及其 ESTs 的生物信息学分析 摘 要 新吉细毛羊是我国培育成功的第 1 个超细型细羊毛品种。其主体细度在 66~70 支（少 部分达到 80 支），毛长 8 cm 以上，是高档精纺毛织品的理想原料。针对新吉细毛羊的 特点，如何保持和继续培育具有更细的细毛羊品种的一个主要方面就是克隆和鉴定一批 可能与细毛羊羊毛性状表达相关的基因，然后对这些基因的功能进行研究，进而应用于 新吉细毛羊的生产实践。本研究利用生物信息学与分子生物学相结合的方法，克隆和鉴 定了一些新基因，取得了如下结果： 1. 采用 CreaterTM SMARTTM cDNA Library Construction Kit 和 DSN 酶构建了新吉细 毛羊皮肤组织的均一化全长 cDNA 文库。文库质量鉴定的结果表明：文库库容量为 1.1 6 ×10 ，重组率为 99%，平均插入片段约为 1.2kb。 2. 对新吉细毛羊皮肤组织均一化全长 cDNA 文库的插入片段进行了 5 ’端随机测 序，获得了 75 条可读 EST 序列，利用 DNAstar 软件的 SeqMan 程序对这 75 条 EST 序 列进行组装，形成了 4 条 Contigs 和 67 个 Singletons。其中 10 个为已知基因，剩余 61 个为未知基因。对 61 条未知新 EST 序列的全长 cDNA 标注结果表明有 6 条包含完整基 因，6 条包含完整 CDS 。 3. 对非含完整基因或 CDS 的49 条新 EST 序列进行了电子延伸，其中 25 条得到有 效延长。这 25 条 Super contigs 的全长 cDNA 鉴定结果表明，可能包含完整基因的 SC 序列共有 3 条，而可能包含完整 CDS 的 SC 序列共有 4 条。 4. 对经全长cDNA 鉴定可能包含完整基因的9 条ESTs 的核酸序列进行了基本性质、 电子表达谱等分析；对可能包含完整基因和完全 CDS 的 19 条 ESTs 进行了编码区的翻 译蛋白质序列的基本性质、结构和功能分析。分析结果表明，这 19 条 ESTs 序列都或多 或少含有一些重要的功能位点和功能结构域。 关键词：新吉细毛羊；均一化；全长 cDNA 文库；ESTs 分析 I Construction of Normalized Full-length cDNA Library of XinJi Fine-wool Sheep Skin Tissue and Bioinformatics Analysis of Its ESTs Abstract Xinji Fine-wool Sheep is the first super-fine-wool breed cutivited in China, its wool fiber fitness is between 66 and 70 s(a few up to 80s), and wool length is above 8 cm. It is the ideal material for slap-up textile. Acccouting for the features of Xinji Fine-wool Sheep, a main aspect on how to maintain and keep cutiviting more fine-wool breeds is to clone and idendify some genes related to the expression of wool trait, then study on the fuctions of those genes and finally apply to productive practical of Xinji Fine-wool Sheep. Combining bioinformatics with biotechnology, a set of new genes were cloned and identified. The