蛋白质折叠问题拟人算法对PERM改进.pdfVIP

论文 求解蛋白质折叠问题的拟人算法：对PERM的改进 黄文奇 吕志鹏+ (华中科技大学计算机科学与技术学院，武汉430074．t联系人，E-mail：lzup—cn@sina．com) 摘要PERM(Pruned—Enriched—RosenbluthMethod)是目前文献中依格点模型求解蛋白质折叠问题的最 高效算法．给出了PERM算法的一种拟人解释，对算法中的权重及预测值进行了拟人化的改进，并对选 择动作时不同情况下的权重计算公式进行了统一．综合这些策略得到了改进的PERM算法——人口控 制算法．该算法在计算效率上有了明显的提高：对当前文献中公认的最难的4个算例的计算都达到了最 优解，计算速度较PERM提高了几倍至几百倍．对于这4个难例中的3个，还找到了迄今为止文献中所 没有的全新的最低能量构形． 关键词 蛋白质折叠 格点模型PERM人口控制拟人策略 蛋白质折叠问题也即蛋白质结构预测问题．它 问题的求解仍然是NP难度的．近年来，国内外学者 是生物信息学领域的核心问题之一，对其求解是后 提出了很多近似求解算法，最具代表性的有：基于重 基因时代蛋白质工程的一项重要任务．研究发现，蛋 白质的生物学功能取决于它的空间折叠结构．因此 with Carlo Sampling 了解蛋白质的空间结构在生物学领域具有重要的理 论意义和现实意义． Method)． 通过实验手段，很容易测出蛋白质链的构成，但 这些算法在求解依格点模型的蛋白质结构预测问题 要观测蛋白质的空间结构却非常困难．近些年来，人 时取得了较大的进展，但其效率仍有待进一步提高． 们开始转向理论计算的方法，通过蛋白质链的构成 1 PERM算法及其拟人解释 来对蛋白质结构进行预测，并且已提出了一些简化 1．1定义 Lattice 模型．其中文献[1，2]提出的HP格点模型(HP Model)，已得到国际学术界的广泛认同．该模型被证 PERM算法是一种增长算法(Growth 实对预测蛋白质口一螺旋结构有极高的可信度”]． 即从链长为2开始，按编号由小到大的次序逐一放入 黑白球，直至全部JV(链长)个球放人为止． 格点模型中，蛋白质由疏水氨基酸(Hydrophobic， 用H表示)和亲水氨基酸(Polar，用P表示)组成．蛋白 已放入的诸球的位置的总体称为格局．称将第n+1 质链可表示为H，P字符串，如PHHPPPHHHPHH(为 方便起见，下文称H为黑球，P为白球)．现将给定的个球放在与第／,／个球距离为1的空闲格点上的手续为 蛋白质链无重叠地摆放在二维单位正方形网格格点 一个动作． 平面上，且定义在链上不相邻但在平面中相邻的两 定义2部分链构形的权重：对于前／It个球已放 个黑球H之间的能量为一1，其它情况为0．蛋白质折入的格局，前n个球所组成的部分链构形的好度称为 叠问题就是要找出蛋白质链的最低能量构形(如图 该部分链构形的权重，记作帆，通过递归的方式定 1~4)．构形能量E的形式化定义如下： 义如下： fWl=W2=1， E= 万 一V { AE，。 (1) Ⅳ∑掣 IWn=W川已丁七me 其中％=fo’薯