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蛋白质组分析应用介绍
俞鸿
技术服务部经理
主要内容
相关数据库
UniProt, Genbank, RefSeq, Ensembl, IPI, GenomeNet
蛋白质数据分析
基本物理化学性质分析
序列相似性比较
特征序列分析
翻译后修饰分析
功能域分析
亚细胞定位分析
GO 分类
KEGG Pathway分析
蛋白质相互作用分析
主要蛋白质序列检索工具
软件 网址 简短描述
Entrez /Ent NCBI提供的集成检索工
rez 具。整合了很多种序列
数据库
DBGET http://www.genome.ad.jp/dbget 日本京都大学化学研究所
提供的检索序列数据库
的工具
UniProt /sprot/ EBI序列检索网页
SRS http://srs.ebi.ac.uk/ 由EMBnet提供的主要数据
库检索工具
NCBI Entrez
DBGET
UniProt
SRS
蛋白质基本物化性质分析
EMBOSS
Pepstats
Pepinfo
Iep
Pepwindow
Octanol
……
ExPASy
ProtParam
Compute pI/MW
ProtScale
……
EMBOSS - pepstats
http://bioinfo.hku.hk/cgi-bin/emboss.pl?_action=input_app=pepstats
EMBOSS - pepinfo
http://bioinfo.hku.hk/cgi-bin/emboss.pl?_action=input_app=pepinfo
ExPASy - ProtParam
/tools/protparam.html
计算多种理化指标
ExPASy - Compute pI/MW
/tools/pi_tool.html
计算蛋白质等电点和分子质量
ExPASy - ProtScale
/tools/protscale.html
计算蛋白质中各种氨基
酸理化性质度量，例如
疏水性等等
序列相似性比较
两序列比较
主要工具：BLAST
常用数据库：NCBI NR，SWISSPROT
命令示例：
nohup blastall –i input.seq –d nr –p blastp –e 1e-3
–F F –o blast.out nohup.out
多序列比对
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