农药分子及设计软件介绍.pptVIP

模块分类 cd：改变所在目录 用法：cd 绝对路径或相对路径 例： cd /home/test #进入/home/test目录 cd .. #回到上一级目录 cd ~ #回到你的登录目录 cd test #进入当前目录下的test目录 pwd：显示你的当前路径 用法：pwd 例： cd /usr/local pwd /usr/local ls：查看目录内容 用法：ls 选项 例： ls #查看当前目录内容 ls –a #查看所有的文件 ls –l #查看文件详细信息，如显示 文件创建的日期、它的大小、所 有者、权限等等 ls *.exe #显示扩展名为exe的文件 cat：显示文件内容 用法：cat 文件名 例： cat hello.log #显示hello.log文件的内容 cat hello |less #分页显示hello文件内容 mkdir 创建目录 用法：mkdir 路径+目录名 例： mkdir mydir #在当前路径下创建mydir mkdir /tmp/dir #在/tmp目录下创建dir cp 复制文件 用法：cp 源文件 目标文件 例： cp file1 file2 #当前目录下复制file1到file2 cp file1 /tmp #复制当前目录下的file1到/tmp目录下 mv 移动文件 用法：mv 源文件 目标文件 例： mv file1 file2 #当前目录下将file1移动到file2 cp file1 /tmp #移动当前目录下的file1到/tmp目录下 rm 删除文件 用法：rm 文件名 例： rm file1 #删除当前路径下file1 rm *.tmp #删除当前路径下所有扩展 名为tmp的文件 rm –f file1 #强制删除文件 rm –rf test #强制删除test目录下所有内容 top 显示CPU进程 用法：top vi 文本编辑器 用法：vi 文件名 进入vi后命令： i – 光标前插入 o– 新建一行 文件操作按Esc， 打 “：” 出现命令提示： q － 退出 wq－存盘退出 q！－ 不保存退出 * * 主讲：张 莉 2009 .1.9 SYBYL7.3软件简介 1 . 基本运行环境和 分子构象分析 SYBYL/base：基本运行平台，包括分子构建、结构显示、分子力学计算。文件输入/输出等基本功能。 Dynamics：分子动力学计算。 Concord Sketch：将化合物的二维结构转化为三维结构的通用工具 Adv Computation：分子三维构象的搜索、分析工具, 帮助寻找分子最低能量构象。 2 . 定量构效关系 QSAR With CoMFA：定量构效关系研究工具集，可用于先 导化合物的结构修饰及改造。 Adv CoMFA：CoMFA模块的扩展功能，包括了几种特殊分 子场及QSAR 扩展工具。 HQSAR：全息定量构效关系研究方法 Hint!：分析疏水性、疏水相互作用，可用于CoMFA分析。 Molconn-Z：用于计算基于分子拓扑结构的QSAR描述符。 cLogP/CMR：计算分子的脂水分配系数及分子摩尔折射,用 于QSAR。 3 . 药效团+化学信息学 DISCOtech：进行活性官能团预测，即通过分析一 系列化合物的可能构象进而推测它们共有的可能的 药效基团。 GALAHAD：采用新遗传算法快速生成高质量的药 效团模型 GASP：采用遗传算法进行活性官能团预测。 UnityBase：化学数据库的搜索、分析、管理系统。 Unity3D：三维数据库搜索工具。 4 . 分子对接 Surflex-dock：快速精确地将配体与蛋白质活性位点 进行柔性对接计算，用于虚拟筛选。 Cscore：提供了评价配体-受体之间相互作用的多种 方法，用于对接结果的一致性评价。 Molcad：分子表面性质的计算和显示。 5 . 从头设计模块 Leapfrog：利用已知的受体蛋白质结构或QSAR模型进行 de novo 配体设计，并可用于优化先导化合物。 一、Linux命令简单介绍 二、分子对接－Surflex-dock * *