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7卷第10期2007年10月
色显科毒4展第1
基于支持向量机和多层感知器的多病
类诊断基因选择方法。
Yue
张军英“2”刘申岭1 Wan93
1西安电子科技大学计算机学院，西安．710071I2．西安电子科技大学电于工程研究所t西安，710071I
and InstituteandState
3．Deparzmem缸EIeetdealCc】mputerEngineeringr VitglnlaPolyt即hnie University，Ale瑚ndfia．VA22314，USA
摘要 超高维基因空间超小样本的基因选择问题是基因芯片技术的挑战性课题之一，对于解决
维数发难问题和获得诊断基因具有重要的理论和实际意义．针对DNA微阵列数据的超高维空问和
基因选择方法，并针对多病类情况的基因选择问题，提出了在区分两两病类所选基固基础上的基
中方法选择出了11个和8个诊断基固，与传统SNR方法的比较结果表明所选出的这些诊断基因
有很好的诊断性能(即推广能力)，既可有效诊断相应疾病，同时极大降低芯片和诊断费用，表明
了该方法的有效性．
MLP立里验证
关键词DNA赦阵列数据辈数突难基因选择谚断基因SVM
DNA微阵列数据的出现对了解疾病在基因级 为是各基因独立行为的结果，即每个基因被视为是
别的发病机理、疾病的诊断、基因级别的药物研制 独立的一维，因此DNA芯片的高通量使一次实验
以及基因治疗有着重要的应用价值n]．在生物学家 可获得超高维基因空间的一个样本，其维数通常达
目前还不了解哪些基因的突变会引起哪些疾病的情 到几千维甚至上万维，并且随着基因芯片技术的进
况下，DNA芯片的高通量(一次实验可获得成千上一步发展和芯片集成度的进一步提高，这个空间的
万个基因的表达水平)为我们通过数据分析和处理 维数还将进一步提高，因此DNA微阵列数据的基
手段运用计算机获得这种基因突变与疾病的关系提 因选择本质上是超高维特征空间的特征选择问题．
供了前提和可能性．实际上，生物学家已经针对其 同时每个病人的DNA基因表达数据只是这个高维
已有的生物学知识将引起这些疾病的可能基因固化 空间中的一个样本，我们无法也不可能采集到多于
到了DNA芯片上了，接下来的就是通过数据分析 空间维数十倍以上睇43的样本数，这就造成了严重
手段从这些固化在DNA芯片上的基因中筛选出与
of
的维数发难(curse
特定疾病相关的基因或基因子集，这就是DNA芯
在12000维空间中只有24个样本，我们需要就这样
片技术给工程和科学提出的新的挑战：基因选择．
的数据进行病类发现、聚类、特定癌症的基因模式
目前关于基因之间调控关系的研究才剐刚开
发现、找出最有利于区分这24个病人所属疾病的
始，从而造成癌症的分子生物原因目前仍只能被认
基因个体或子集来等．这些过去从未有过的超高维
2006_03
07收藩．2007-04—18收修改穑
-国隶自然科学基金(批准号60371044)和中意双边科拄合作项目资助
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万方数据
自．越井手连展第17卷第10期2007年10月 1429
空间超小样本数据分析问
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