基于株高性状玉米EST 序列与水稻基因组比较与研究.pdfVIP

第 30 卷 第 7 期 作 　物 　学 　报 Vol. 30 , No. 7 2004 年 7 月 　657～667 页 ACTA AGRONOMICA SINICA pp. 657 - 667 　July , 2004 基于株高性状的玉米 EST 序列与水稻基因组的比较研究 1 ,2 1 1 1 2 1 , 严建兵 　王　毅 　汤　华 　黄益勤 　李建生 　郑用琏 ( 1 华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室和国家作物分子育种中心 ,湖北武汉 430070 ;2 中国农业大学国家玉米改良中心,北京 100094) 摘 　要 　从已公布的玉米分子标记中 ,挑选出均匀覆盖玉米全基因组、平均间距小于 10 cM 的224 个 SSR 和 RFLP 分子标 记 ,从 NCBI 上查找这些标记所在的玉米 EST 或基因的原始序列 ,逐一与水稻数据库的序列信息进行同源性比较。结果 表明 :在 P 1e5 水平上 ,从水稻数据库中共找到 16 939 段同源序列 ,平均每段玉米的序列可以在水稻数据库中找到 N 75. 6 段同源序列 ;在 P 1e10 水平上 ,一共找到 7 853 段同源序列 ,将其中 2 729 段序列与水稻的物理图谱和分子标记 N 连锁图进行比对定位 ,最终将 896 段同源序列整合在水稻分子标记连锁图上 ,形成了在序列水平上的玉米和水稻的比较 基因组图谱。基于这一图谱 ,对已定位的玉米和水稻株高 QTL 的分子标记进行了比较基因组的定位分析。10 个玉米株 高 QTL 紧密连锁的 18 个分子标记中有 10 个标记在与之同源的水稻染色体区域也定位了控制水稻株高的 QTL 或基因 , 暗示有相当一部分控制玉米和水稻株高的 QTL 是同源的。但进一步的分析表明 ,玉米与水稻基因组的连续共线性区域 可能低于预期估计 ;在此基础上提出了一种利用水稻基因组数据进行禾本科植物比较基因组 ,发掘新分子标记和克隆大 基因组植物基因的策略。 关键词 　玉米 ;分子标记 ; 比较基因组;水稻数据库 中图分类号:S513 Comparative Analyses between EST Sequences Concerning Plant Height of Maize and Sequences of Rice Genome Database 1 ,2 1 1 1 2 1 , YAN JianBing , WANG Yi ,TANG Hua , HUANG YiQin , LI JianSheng , ZHENG YongLian (1 National Key Laboratory of Crop Genetic Improvement and National Center of Crop Molecular Breeding , Huazhong Agricultural University , Wuhan 430070 , 2 ) Hubei ; National Cente