第三章微生物的分类.docVIP

微生物的分类 第一节 细菌的分类地位 第二节 细菌的命名 第三节 细菌分类鉴定的标准 第四节 细菌分类的方法 第五节 细菌的分类体系 第六节 细菌的鉴定 第七节 病毒的分类 细菌作为自然界中的生物广泛存在，而且不断进化和发展，种类繁多，性质各异。人类出于认识自然的需要，对包括细菌在内的各种生物进行了分类和命名，并已形成了既定的体系和公认的准则。将所有生物按其亲缘关系的亲疏和性状的相似程度，逐级归并划分为各种等阶的类群，建立起界(Kingdom)、门(Phylum)、纲(Class)、目(Order)、科(Family)、属(Genus)、种(Species)，以及有时在种下再分型(Type)的分类等阶。在中间型过多而上述等阶不够用时，可曾设各级亚类，如亚门、亚纲、亚目、亚科、亚属、亚种和亚型等。 对整个生物的划分，有五界和六界划分两种观点，前者是将整个生物划分成动物界、植物界、真菌界、原核生物界和病毒界，而后者是将动物界中的原生动物另立一界，即原生生物界。 返回 第一节 细菌的分类地位 细菌归属原核生物（Procaryote）界。在原核生物中，细菌（Bacteria，又称真细菌Eubacteria）和古细菌（Archaea）是性质有别的两大类。古细菌是一个独特的系统进化类别，其成员产甲烷、极端耐盐、高度嗜热，细胞壁组成与细菌不同。这些极端微生物被认为是生物进化过程中的早期产物，因此称之为古细菌。 细菌作为另一个系统进化类别的原核生物，它包括对动物和人具有致病作用的衣原体、立克次体、霉形体、螺旋体、放线菌等，此外还涉及蓝细菌、紫色光合细菌等（图7-1）。 细菌的分类单元有纲、目、科、属、种，但是最重要、最基本的单元是种，其次是属。科及其以上的划分在细菌学不太完善，而且随着研究的深入，科、属的划分会有变动。 1. 属（genera，单数genus）：是具有共同性状的若干种的组合，应与其它属有明显的差异。不同属之间的16S rRNA序列有较大的差异，但尚未提出差异的量化标准。 2. 种（species）：是细菌学分类的最基本单元，种可认为是一群性质相似的菌株，它与其它菌株群体有明显差异。种的概念比较抽象，根据表型特征，并不容易界定。专家建议，根据16S核糖体RNA序列的异同，可作为定种的依据。凡是16S rRNA序列同源性大于97%的两株细菌，即可确定为同一种。 3. 菌株（strain）：是不同来源的某一种细菌的纯培养物。同一种细菌可有许多菌株，其主要性状应完全相同，其次要性状可稍有差异。菌株的名称没有一定的规定，通常用地名或动物名的缩写加编号作菌株名。返回 第二节 细菌的命名 细菌的命名依据“国际细菌命名法规”（The International Code of Nomenclature of Bacteria）的规定，学名用拉丁文，遵循“双名法”。所谓“双名法”就是每一种细菌的拉丁文名称由属名和种名两部分构成，属名第一个字母必须大写，其余均应小字，即使种名是以人名或地名命名的，种名头一个字母也用小写。整个属名及种名在出版物中应排成斜体。细菌的中文译名与拉丁名正好相反，将种名在前，属名在后。常见细菌命名中一些规则和应注意的事项如下： 1. 出现在分类学文献中的细菌拉丁文学名，在属名和种名之后，往往还要加上首次定名人（加括号）、现名定名人和现名定名年份，这些均用正体排字。但在一般兽医学及医学微生物学文献中，属名和种名之后的部分均予省略。例如大肠埃希菌的学名全名是：Escherichia coli（Migula）Castellani et Chalmers 1919，指的是Migula于1895年命名此菌为Bacillus coli，Castellani及Chalmers于1919年改为现名的。 2. 拉丁文学名应按拉丁文字母的发音规则读念，但由于受英语的影响，不少人是按英语的读法来读细菌拉丁文名，在国际学术交流中常常遭遇。 3. 只确定属名、未确定种名的某一株细菌，其拉丁文学名可在属名之后加sp.（正体字）；如果同属未定种名的若干菌株，则用spp.取代sp.，spp.为species复数的简写。 4. 如果是新种，在新种的拉丁文学名之后还要加上“sp. nov.”，nov是novel的缩写。 5. 亚种用subsp.（正体字）表示，这是subspecies的缩写，例如Pasteurella multocida subsp. septica，中译名为多杀性巴氏杆菌败血亚种。过去还用var.（variety）表示变种，现已废止，用亚种取代。 6. 少数拉丁文学名会因研究的进展等原因而改变，比如Clostridium welchii（魏氏梭菌）、Aeromonas punct