奇偶校验DNA算法.pdfVIP

奇偶校验的DNA 算法1 1,2 1 1 1 李汪根 ，丁永生 ，朱莹 ，邵世煌 1 东华大学信息科学与技术学院, 上海 (201620) 2 安徽师范大学数学计算机学院，芜湖（241000 ） E-mail ：ysding@ 摘 要：DNA 计算中会发生诸如变异之类的各种错误。如何发现和纠正这些错误对于 DNA 计算来说至关重要。奇偶校验是电子计算机通信中被广泛应用的一种最简单的检错方 法。本文研究了DNA 计算机中奇偶校验的实现，以期提高DNA 计算的可靠性。经试验仿 真，本文提出的DNA 计算机上奇偶校验实现的算法具有可行性。 关键词：奇偶校验，DNA 计算，有限状态自动机 中图分类号：TP384, TP311.12 1. 引言 分子计算是一种新型的计算方式。DNA 计算是分子计算的一种，DNA 计算中被处理 的数据存储在 DNA 分子中，数据的处理通过诸如合成，杂交，剪切等基因工程的方法来 实现。DNA 计算的最大优点是极大的存储密度和计算的高度并行性。 DNA分子的一个有趣性质是：特定碱基结合在一起构成碱基对：A和T配对；C和G配 对。这个过程实际上就是促成DNA片段自组织的杂交或退火反应。自组织这种特性使得识 别特定DNA分子成为可能。另一方面，这种自组织可以被用来完成特定意义上的运算。 以DNA分子作为计算工具的概念最早由Adleman博士于1994年提出来[1] 。自 1995年以 后，DNA计算国际会议每年召开一次。除此之外，在生物信息学和进化计算等国际会议中 也常常出现有关DNA计算的主题。 目前DNA计算取得了很多研究成果，主要体现在以下三 个方面：(1) 解决 NP 完全问题[2,3,4]; (2)实现基本的运算操作，比如：逻辑运算和算术运算 [5,6] [7,8,9] ; (3) 模仿图灵机的操作 。 正如我们所知，DNA计算的最大缺点是计算的不可靠性，因为在DNA计算中会发生各 种各样的错误。如何发现并且纠正这些错误对DNA计算来说是非常重要的。奇偶校验是计 算机通信中纠错的最简单方法。本文研究的动机在于研究DNA计算机中奇偶校验的实现， 以便提高DNA计算的可靠性。 2. 奇偶校验 在计算机通信中，二进制数据经传输、存储等处理后往往会被发生错误 (1变为0或0变 为1)。如何发现并纠正这些错误是通信的基础。解决这类问题的一般方法是增加一些冗余 数据。奇偶校验是二进制数据传输中最简单的一种纠错方法，对二进制数据中的单一错误 能有效发现。奇偶校验是确定二进制数据中1或0 的个数是奇数还是偶数。奇校验是数据同 步传输的标准，而偶校验则是数据异步传输的标准。 对于给定的码字，统计其中数字1出现的次数，然后根据校验的类型在码字的末尾添加 一个额外的校验位。对于奇校验，如果数字1的个数是奇数，则数字0会被附加在校验位； 否则数字1会被附加在校验位。同样，对于偶校验，如果数字1的个数是奇数，则数字1会被 附加在校验位；否则数字0会被附加在校验位。例如，有码字0010 ，因其中数字1的个数是 1 本课题得到国家自然科学基金），教育部新世纪优秀人才支持计划（NCET-04-415 ），教育 部高等学校博士学科点专项科研基金资助课题（20030255009 ）的资助。 -1- 奇数，则对于偶校验，校验位应为1，编码后的码字应为00101 。对于接收端来说，如果收 到的是00100，因其中数字1的个数是奇数，则接收端会知道这是一个错误的码字。 3. DNA 计算机 DNA计算的基本思想是：以DNA链作为信息载体，将原始问题映射成为DNA分子链 （单链、双链或带有粘性末端的混合链），然后按照一定的规则将原始问题的数据运算高 度并行地映射成对DNA分子链的可控生化