哺乳动物中驱动蛋白与研究计算基因组学分析与鉴定.pdfVIP

哺乳动物中驱动蛋白的计算基因组学分析与鉴定∗ 薛宇 1, § 刘丹 1, § 都建 1 符传孩 1 周庆 1，2 唐孝威 2 Tim J. Yen3 Don W. Cleveland4 姚雪彪 1 1. 中国科学技术大学细胞动力学实验室；合肥微尺度物质科学国家实验室，合肥 230027; 2. 浙江大学理学部物理系，杭州 310027; 3. The Fox Chase Cancer Center, Philadelphia, PA17111, USA; 4. The Ludwig Institute for Cancer Research, La Jolla, CA 92093, USA; email: yaoxb@ 摘 要：基于微管的驱动蛋白超家族（Kinesin superfamily）的分子马达调控包括细胞器 转运及染色体移动等在内的一系列的细胞动力学过程。哺乳动物的基因组内近期陆续得到测 序和注释，使得在基因组层面上进行驱动蛋白的预测和分析成为可能。在此，我们介绍一种 新颖的、基于比较基因组学的全长驱动蛋白预测手段（full-length kinesin prediction program，FKPP），用来系统鉴定哺乳动物中的驱动蛋白。与之前预测出 94 个驱动蛋白的工 作相比较，我们从哺乳动物的基因组中总共鉴定出 134个驱动蛋白基因。并且，利用全长驱 动蛋白预测手段（FKPP），对数据库中存在的片段序列进行分析，我们还合成了 25个全长的 驱动蛋白序列。有趣的是，FKPP 发现人的 CENP-E 蛋白应该是包含 2701 个氨基酸，而不是 目前数据库中已经存在的 2663个氨基酸的序列。通过对人的 CENP-E蛋白序列特异性抗体以 及 cDNA 测序的实验鉴定，证明 FKPP 所合成的 CENP-E 序列是正确的。接着我们根据 FKPP 对哺乳动物驱动蛋白全长序列进行了重新的分类。鉴于目前公共数据库中存在了很多非全长 的蛋白片段序列，FKPP 不仅提供了一个高效、准确、新颖的驱动蛋白预测工具，同时亦为 其他序列不完整超蛋白家族的全长分子鉴定提供了一种可供借鉴的方法学。 关键词：驱动蛋白，比较基因组学，CENP-E，FKPP 1．引言 驱动蛋白是基于微管的分子马达蛋白，它在细胞动力学过程中具举足轻重的作用。这些 过程包括囊泡及染色体的转运等 [1~6] 。此外，驱动蛋白亦调控微管的动力学从而决定了细胞 的功能多态性[7-10]。驱动蛋白包含了三个结构功能域：分子马达结构域、颈部以及茎部[11]。 分子马达结构域包含了在真核生物中高度保守的氨基酸序列，这些残基序列组成了一个由 Walker A的ATP结合模体以及一个微观结合区域[11]。在分子马达结构域之外，驱动蛋白呈现 出极大的序列分散性，从而导致一个假设的产生，即驱动蛋白的颈部和茎部决定着驱动蛋白 与被运输物的特异性结合。近期的研究表明一些驱动蛋白与被运输物的之间的结合选择性， 是通过结合在驱动蛋白的颈部和茎部的适配蛋白所介导的[11]。基于分子马达结构域的位置， 驱动蛋白可以被分为三类：N-型、I-型以及C-型[11]。尽管对于驱动蛋白的功能研究已经取得 了很大的进展，但是目前仍不确切的是，人的基因组中究竟含有多少个驱动蛋白，以及它们 功能特异性的生化基础。 目前关于驱动蛋白的系统发育的进化分析局限于人、小鼠、果蝇、线虫和酵母[12-14]。 并 ∗本课题得到高等学校博士学科点专项科研基金（项目编号：20020358051 ）资助 § 同等贡献 - 1 - 且，对于目前在公共数据库中已经存在的驱动蛋白序列，还没有一个可以验证其正确性的方 法 。 最 近 ， 大 鼠 的 基 因 组 测 序 的 告 捷 ( 大 鼠 基 因 组 测 序 计 划 联 盟 ； /projects/rat/)，使比较基因组学的方法更为有效。此外， 对驱动蛋白功能的分子生物学研究需要使用驱动蛋白的全长序列，而通过实验来鉴定全长序 列常常是需要耗费大量的时间与精力，并且常常受制于所使用的cDNA