草菇菌丝体与原基差异表达基因分析PrimordiumofPaddyStraw.pdfVIP

基因组学与应用生物学，2012年，第 31卷，第 2期，第 147—153页 GenomicsandAppliedBiology，2012，Vol_31，No．2，147—153 研究报告 ResearchReport 草菇菌丝体与原基差异表达基因分析 刘朋虎 邓优锦 江玉姬 谢宝贵 王海英 章小寅 福建农林大学菌物研究中心，福州，350002 通讯作者，mrcfafu@163．eom 摘 要 采用Solexa测序技术，对草菇菌丝体和原基进行了数字基因表达谱(DGE)测序，在菌丝体和原基文 库 中分别得到 5701781个和 5659262个高质量测序标签(cleantags)，对应的标签种数(distinctcleantags)分 别为85626和95363。将所有高质量测序标签与参考基因库进行比对，在菌丝体和原基文库中，占标签种数 的43．32％和 52．57％的标签可 以唯一定位(map)~Jl参考序列上，占标签种数的21．65％和 21．47％的标签可 以 被定位到基因组序列上。最终，被菌丝体和原基标签唯一定位的基因数(unambiguoustag．mappedgenes)分别 为 14794和 15534。差异基因分析显示，两个文库中共有显著性差异表达的基因4163个，其中在原基中上 调、下调的基因数分别为 2486和 1677，只在原基中表达的基因321个 。经过Blastnr比对 ，在原基 中特异表 达的基因，涉及蛋白质(氨基酸)合成与代谢、糖代谢、脂类代谢和抗逆反应等多个代谢途径。GO功能富集分 析结果表明，葡萄糖、己糖和 乙醇等代谢途径大部分基因下调表达。Pathway功能富集分析结果表 明，合成核 糖体蛋 白的基因均下调表达 ，表 明原基形成时细胞代谢减弱，蛋白质合成量减小。 关键词 草菇，子实体形成，数字基因表达谱，差异表达基因 Analysis of Differentially Expressed Genes between Mycelium and PrimordiumofPaddyStrawMushroom(Volvariellavolvace LiuPenghu DengYoujin JiangYujiXieBaougi WangHaiying ZhangXiaoyan MycologicalResearchCenterofFujianAgricultureandForestryUniversity，Fuzhou，350002 Correspondingauthor，mrcfafu@163．tom DOI：1O．3969／gab．031．000147 Abstract Theexpressionprofilingofmycelium andprimordium ofVolvariellavolvaceawasanalyzedbyusing hi曲一throughputsequencingtechnologybasedontheSolexaGenomeAnalyzerplatform．Totally5701781and 5659262cleantagsformycelium andprimordium librarieswereobtainedcorrespondingto85626and95363 distinctclean tagsrespectively．Comparingalltheclean tagswithgenebank，inmycelium andprimordium libraries，43．32％ and52．27％ ofthedistinctcleantagsweremappedunambiug ouslytothereferencedatabase respectively，and21．65％ and 21．74％ ofthedistinctclean tagsweremappedto thegenomedatabaseof Volvariella volvacea．Finally，14 794 and 15534unambiug oustag-mapped geneswereobtained．Analysisof differentially expressedgenesshowsthatthereare4 163genesdifferentially expressedbetween two libraries， andintheprimordium library，2486ofthem areup—reug latedwhile167