GPU加速蚁群算法在HP模型中应用.pdfVIP

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2017-08-30 发布于安徽
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林旭生等：GPU加速的蚁群算法在HP模型中的应用 GPU加速的蚁群算法在HP模型中的应用林旭生田绪红冯志炜陈茂资 (华南农业大学信息学院计算机科学与工程系。广州510642，tianxuhong@scau．edu．ca) 摘要针对蛋白质二维格模型(2DHP)折叠问题提出了一种基于图形处理器(GPU)加速的蚁群算法(ACO)。通过将蚂蚁群每一步产生的构象、启发式信息、信息素等用纹理组织起来，利用GPU中像素着色器高度优化的并行计算能力对算法进行求解，极大地提高算法的运行效率。关键词I-IP折叠问题；图形处理器；蚁群算法 GPU-ACO inHPModel Algorithm Lin Mao-zi Zhi—wei，Chen Xu—sheng，TIANXu—hong，Feng China AgriculturalUniversity,Guangzhou510642) (Collegeoflnformatics,South AbstractThe ofa structLIrefromitsamino-acid calledthe predictionprotein’s sequence，alsoproteinfoldingproblem，is in 2-dimentional ison to oneofthe unsolved bioinformatics．The major problems hydrophobic-polar(2DHP)modelway the itisstillaNP-hardcombinatorial increaseinthe of although simplyproblem problem．Therapid performancegraphics withrecent inits made hardware，coupledimprovementsprogrammability,havegraphicsprocessingunit(GPU)a for tasksinawide of domains．Inthis variety compellingplatformcomputationallydemanding application paper,we anAnt ontheGPUforthe2DHP onstandard present colonyoptimization(ACO)algorithmproteinfoldingproblem．Tests the ACO ontheCPU． benchmarkindicatethat presentedapproachoutperrorsalgorithm HP Keywordsproteinfolding；GPU；ACO 提出的一种基于种群的模拟进化算法，属于随机性 1 引言智能搜索算法【4，5】，通过利用蚁群搜