棱果沙棘同倍体杂交起源：来自叶绿体基因组和核基因组证据.pdf

摘 要 植物物种的同倍体杂交起源广泛发生但鉴定困难，目前是生态学和进化生物 学研究的热点。本研究利用沙棘属植物叶绿体基因组和核基因组不同的遗传体系 (叶绿体基因祖——母系遗传，核基因组——双亲遗传)，选取包括青海祁连棱 果沙棘自然群体中的两个个体，必及与其同域及异域分布的中国沙棘和肋果沙棘 在内的沙棘属植物6个物种10个类群，通过对叶绿体基因组的基因间区trnL．F 和tinS—G序列以及低拷贝核基因ncpGS的序列分析并构建基因谱系树，利用核 质基因树的不一致性和杂种在基因树上的分支行为两种方法检验棱果沙棘的杂 交起源，并揭示青海祁连棱果沙棘自然群体建立过程中基因渗入的方向。另外利 用克隆测序的方法检测棱果沙棘二倍体杂种核基因组上存在的异源单倍型(杂合 基因型)，进而探讨了棱果沙棘杂交起源过程中基因组的进化。具体结果如下： 1．叶绿体基因组分析 1)叶绿体tmL．F序列分析 沙棘属植物tmL。F序列相对保守，排序后长868bp，其中系统发育信息位点 22个。启发性搜索获得11棵严格一致的最简约树，分支图由基支柳叶沙棘出发， 明显地分为两支，包含中国沙棘及其近缘亚种的s支和包含肋果沙棘及其亚种的 N支。当包含棱果沙棘的2个个体在内时获得15棵严格一致的最简约树，分支 图的拓扑结构没有明显变化，棱果沙棘的两个体分别作为同域分布的中国沙棘和 肋果沙棘的姊妹类群而聚在S支和N支上。 2)叶绿体tmS—G序列分析 沙棘属植物trnS—G序列长度变异显著，各类群长度在534．654bp之间，排序 后长71lbp，其中系统发育信息位点41个。启发性搜索得到69棵最简约树，分 支图显示为包含多个分支的多系结构。当包含棱果沙棘2个个体在内时获得131 棵最简约树，拓扑结构没有明显变化，棱果沙棘的两个个体同样分别聚为同域分 布的中国沙棘和肋果沙棘的姊妹类群。另外，trnS—G序列分析显示，从长叶胡颓 子到柳叶沙棘的进化是由于长叶胡颓子上一段40bp序列的一次简单重复而形 成。 总之，对沙棘属植物叶绿体基因组的系谱分析表明：棱果沙棘虽然对分支图 的拓扑结构影响不大，但两个个体却分别聚为与其同域分布的中国沙棘和肋果沙 棘的姊妹类群，支持棱果沙棘的杂交起源，显示存在基因的双向渗入。 2．核基因ncpGS分析 1I 1)核基因ncpGS序列分析 沙棘属各类群ncpGS基因的长度排序后为677bp，其中系统发育信息位点为 13bp。启发性搜索得到15棵严格一致的最简约树，分支图明显地分为两支，包 含西藏沙棘、中国沙棘及其近缘亚种的s支和包含柳叶沙棘、肋果沙棘及其亚种 的N支。当包括棱果沙棘的1个个体后，得到32棵严格一致的最简约树，棱果 沙棘个体没有像在叶绿体基因谱系树中作为同域中国沙棘的姊妹类群被放置在 S支上，而是被放置在N支的基部。 棱果沙棘ncpGS基因直接测序时重峰现象明显，显示基因组中存在异源的 等位基因，有必要借助分子克隆技术进。一步分析杂种中的单倍型类型。 2)杂种ncpGS克隆测序分析 一个棱果沙棘个体的ncpGS基因克隆测序获得8条可以通读的序列，聚类 分析显示分为两种分别与中国沙棘和肋果沙棘同源的单倍型。进一步分析显示与 肋果沙棘同源的单倍型在14个差异性标记位点上与肋果沙棘完全相同，另有1 个自征突变位点，而与中国沙棘同源的单倍型则在13个差异性标记位点与中国 沙棘完全一致，有1个标记位点可能由于基因转变或突变而与肋果沙棘相同，另 有4个自征突变位点。 基于上述研究结果，我们得出的结论是：(1)棱果沙棘同一个体在不同基 因树上具有不同的谱系位置，为该物种同倍体杂交起源提供了有力的证据；(2) 青海祁连棱果沙棘自然群体中不同个体在叶绿体基因树上具有不同的位置，证明 棱果沙棘杂交起源过程中发生了双向的基因渗入现象；(3)青海祁连棱果沙棘自 然杂交带可能为F1代杂种基因型，基因组中存在高频率的基因突变；(4)青藏 高原隆升过程中的第四纪冰期多变的古地质气候可能促进了棱果沙棘的杂种形 成；(5)柳叶沙棘为沙棘属植物中最原始的类型；(6)理塘沙棘也为同倍体杂交 起源，而西藏沙棘也存在同倍体杂交起源的可能性。 关键词：二倍体杂种：棱果沙棘；物种形成；基因树不一致性；细胞质分子标记 核基因组进化 I