氢化酶体蛋白预测方法的研究.pdfVIP

统计遗传学、数量遗传学和生物信息学 氢化酶体蛋白预测方法的研究 余东亮1～，傅衍1’2 1‘浙江大学动物科学学院，杭州310029：2浙江加州国际纳米技术研究院，杭州310029 关键词：氢化酶体；蛋白预测；蛋白质组学 引言 现有的计算预测方法软件主要基于N端序列对线粒体蛋白进行预测，由于氢化酶体蛋白的N端序列和 线粒体蛋白具有较大的差异，有必要针对氢化酶体蛋白的特点进行特异性的分析预测。目前对氢化酶体蛋白 的预测主要基于已知蛋白导肽的模式特征进行，这种方法较好地利用了特异位点的保守性信息，具有较高的 准确性。但由于已知的氢化酶体蛋白的数量有限，所以在此基础上的归纳会造成一定程度的假阴性，对于具 有其它可能模式的氢化酶体蛋白的预测造成困难。本文利用对线粒体蛋白和氢化酶体蛋白序列和转运加工过 程的认识，开发一种针对性的预测方法。 材料方法 COG(Clusters Groups ofOrthologous 蛋白质组学方法对阴道滴虫氢化酶体蛋白的分离和鉴定在台湾长庚大学基础医学研究所完成并提供实验数 据。各类模式搜索获得的氢化酶体蛋白数据集通过文献检索和本地整理获得。 结果 本文选取28个蛋白的导肽序列作为种子模式，对全基因组进行搜索。基本流程如下： 1) 信号转换：按照Bannai等归纳的alphabet indexing，所有种子被转化成由0，1，2编码的信号，同 时所有阴道滴虫的氨基酸序列均进行相同处理并作为搜索的目标集合。氨基酸残基x在函Q中的映射关系 蛋白的导肽长度一般不超过25个氨基酸且本文的搜索种子最长为16个氨基酸残基，而本文采用全模式匹配 的策略，在搜索中不引入空位，故此预测结果中，导肽序列的长度应为5—16个氨基酸残基，由此目标集合只 截取了各蛋白序列N端的30个氨基酸进行转换和分析。 2)全模式匹配：利用Perl语言编写程序进行对种子和目标集合进行匹配，搜索符合种子序列编码模式的 目标蛋白； 3)电性筛选：根据AAIndexdatabase提供的各氨基酸的物理性质参数，计算各候选蛋白导肽的平均电荷， 保留显电荷特征或整体不显现电性的候选蛋白： 理出有良好匹配的阴道滴虫蛋白序列(阈值设定：E值为le．3，一致性匹配为25％，匹配区域长度，搜索序列长 度≥50％)； 6)重复片段：对阴道滴虫蛋白的功能域进行注释，去除步骤4)结果中和匹配序列的联配区域仅为简单 重复区域的候选蛋白； 同源基因的匹配起始于预测的导肽片段之后或在第10个氨基酸残基之后)，且满足Arg一2／Arg．3的特征； 8)分泌蛋白预测：利用SignalP软件对步骤7)筛取的候选集合进行分析。保留不具有信号肽的候选蛋 白： 置同步骤5)。 ～43—