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密码子数据库及密码子偏好性分析软件 题记：转基因研究中经常要进行基因的异源表达，在翻译过程中，受体物种对外源基因密码子的翻译效率对表达有非常大的制约。因此，利用相应的生物信息学数据库及软件对目标序列进行受体物种的密码子偏好性分析将有助于完成对转基因效率的评价，适当选择合适的受体物种进行高效、可行的表达。人物，阅读前，让我们感谢下列科学家，是他们为基因异源高效表达提供有价值参考。 Yasukazu Nakamura博士：The First Laboratory for Plant Gene Research，Kazusa DNA Research Institute 开发Codon Usage Database（生物密码子表的利用情况统计）。 PrimerX： 编写了Codon Usage Analyzer在线密码子统计表处理软件（/codon/cgi-bin/codon.cgi），它使得对密码子的统计用图表的形式显示出来，更加的直观可读。 Morris Maduro博士：针对E. coli开发了E. coli?Codon Usage Analyze 。目前的版本为2.1。 Thomas Sch?dl：开发设计的以图形形式对异源基因表达的密码子使用分析软件（Graphical codon usage analyser），用以帮助异源基因表达时对异源基因进行改造，以适应受体物种，避免由于翻译时密码子使用情况的限制使受体物种对外源基因表达产生负面影响。 内容： 一：密码子使用统计数据库 Codon Usage Database（http://www.kazusa.or.jp/codon/ 是由植物基因研究第一实验室（The First Laboratory for Plant Gene Research）Kazusa DNA Research Institute的Yasukazu Nakamura博士开发的生物密码子表的利用情况统计。数据来源于 GenBank 的 DNA 序列数据库，是GenBank 的 Codon Usage Tabulated 数据库在WWW模式下的扩展和整合。每个物种的密码子使用情况都可以通过WWW方式以网页的形式进行分析查询。 在该数据库中29,311个物种的不同形式的密码子使用情况被统计，包含1,756,171 个全长编码区序列。该数据库的数据来源于 NCBI GenBank 的Flat File[December 19 2005]. 在数据库的编写过程中，GenBank中的pri (primate sequence entries), rod (rodent sequence entries), mam (other mammalian sequence entries), rt (other ertebrate sequence entries), in (inertebrate sequence entries), pln (plant sequence entries), bct (bacterial sequence entries), rl (iral sequence entries) and phg (phage sequence entries) 文件类型所代表的数据被采用，而EST，pat (patent sequence entries), rna (Structural RNA sequence entries), sts (STS: sequence tagged site sequence entries), syn (synthetic and chimeric sequence entries) and una (unanotated sequence entries)文件类型所代表的数据被舍弃。另外，编码区序列（complete sequenced protein coding genes）被采用，但测序数据中包含的不明确碱基所代表的密码子被排除。 数据库的使用方法： 该数据库可以对物种的拉丁名进行密码子使用情况的搜索，但数据库的搜索是不支持英文别名的。比如对于酵母密码子的搜索，要用其拉丁名Saccharomyces cereisiae，而yeast”的搜索结果显示为零。另外，数据库对物种也进行了字母排序的统计，同样对酵母，进入S起始的字典里可以找到。对于线粒体、叶绿体的密码子使用情况，数据库同样给出了汇总整理。 二：密码子偏好性分析 对于密码子偏好性的分析，有Correspondence Analysis of Codon Usage软件分析程序（//）和graphical codon usage analyser在线分析软件（http://gcua.schoedl.d