应用 PCR-DGGE技术比较绵羊瘤胃、网胃、瓣胃和皱胃菌群的多样性.pdfVIP

动物营养学报2015,27(1):298-304 ChineseJournal of AnimalNutrition 　 doi:10.3969/ j.issn.1006-267x.2015.01.036 应用PCR-DGGE 技术比较绵羊瘤胃、网胃、 瓣胃和皱胃菌群的多样性 ∗ ∗ 曾　 燕　 曾　 东 　 倪学勤 　 张　 艳　 祝　 辉　 唐雨蕊 (四川农业大学动物医学院动物微生态研究中心,动物疫病与人类健康四川省重点实验室,雅安 625014) - 摘　 要: 本研究采用聚合酶链式反应 变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术结合DGGE 图谱 条带的克隆和测序比较了绵羊瘤胃、网胃、瓣胃和皱胃菌群的多样性,同时对菌群进行了聚类分 析和主成分分析。 结果表明:绵羊瘤胃、网胃、瓣胃和皱胃内容物DGGE 图谱的平均条带数分别 为18、13、16和 15条;瘤胃和瓣胃内菌群的多样性指数、均匀度和丰富度均较高,分别为2.83、 0.79、17.00和2.82、0.79、16.80,而网胃和皱胃内容物较低,分别为2.52、0.70、12.60 和 2.73、 0.76、15.40;聚类分析结果显示不同胃的内容物菌群具有一定差异,但不同动物个体相同胃的内 容物相似性系数均高于0.63;PCR-DGGE 图谱中测序的条带大多数归为拟杆菌门(Bacte- roidetes)和厚壁菌门(Firmicutes),优势菌群为厚壁菌门(Firmicutes)细菌、拟杆菌门(Bacte- roidetes)细菌、未培养瘤胃细菌(uncultured rumen bacterium)、未培养细菌(uncultured bacterium) 和韦荣球菌科(Veillonellaceae)细菌,特异性细菌为不动杆菌属(Acinetobacter sp.)细菌和瘤胃 球菌属(Ruminococcaceae)细菌。 结果提示,绵羊4 个胃中均含有种类丰富和数量巨大的细菌, 且随着消化道部位由前往后的顺序,菌群的多样性呈现先高后降低再升高的趋势。 关键词: 绵羊;胃;细菌;PCR-DGGE;聚类分析;主成分分析 中图分类号:S826　 　 　 　 文献标识码:A　 　 　 　 文章编号:1006-267X(2015)01-0298-07 　 　 成年哺乳动物胃肠道栖息着种类繁多且数量 前景。 巨大的微生物,其数量是动物体细胞数的10倍左 　 　 目前,利用纯培养技术,仅有 11%左右的动物 [1] [7] 右 。 宿主可为微生物提供良好的生长环境,而 胃肠道微生物被分离培养 ,仍有大量的微生物 微生物通过促进胃肠道对营养物质的消化吸收维 信息处于未知状态。 PCR-DGGE 技术 1993 年首 [2] [8] 持动物的健康 。 近年来,反刍动物依赖瘤胃微 次被Muyzer 等 应用于研究微生物菌群结构和 生物能将纤维素等物质有效地转化为动物产品成 多样性,目前已被广泛用于胃肠道、土壤、葡萄酒 [3] 和海洋微生物的研究,能全面准确地反映微生物 为了研究热点 ,由于采样的难易程度不同,大多 - [4 6] 菌群的结构和组成。 因此,本研究应用 PCR- 数都集中在对瘤胃和粪中微生物的研究 。 然 而,网胃、瓣胃和皱胃也是反刍动物的标志性消化 DGGE技术结合DGGE 图谱中共性条带和特异性 器官,其中栖息的微生物及这些