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- 2017-08-20 发布于重庆
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ncbi使用技巧,spss使用指南.ppt
BLAST 练习 要求: 已知拟南芥(Arabidopsis thaliana) 转录因子E2F家族包含6个成员,分别为E2Fa, E2Fb, E2Fc, E2Fd, E2Fe, E2Ff,请通过Entrez查寻其蛋白质序列信息,并将结果保存为FASTA格式; 建立上述蛋白的多重比对FASTA文件; 用ClustalW进行多重比对,将结果保存下来以便分析 多重比对 用NCBI BlastP比对搜索该蛋白质的名称、序列号、物种来源等基本信息 通过BLAST寻找其在小鼠(Mus musculus)中亲缘最近的同源蛋白,提供比对结果 通过Special BLAST推断该蛋白属于何种蛋白质家族、可能的保守域的名称 * * * * * * * * * 成对序列比对举例 视黄醇结合蛋白(RBP)与水解牛乳蛋白(β-lactoglobulin)的比对结果 完全相同区 部分相似区 identity Similarity Gap 间隔 成对序列比对 完全匹配(complete match) 部分匹配(partial match) 对于蛋白质序列而言,不同但性质(size, charge, hydrophobicity, and polarity)相近的氨基酸常具有相似的功能。 碱性aa、酸性aa、中性-非极性aa、极性aa 空位(gap) 源于序列片段的插入或缺失(ins
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