国境口岸食源性微生物检测基因芯片探针设计新方法的研究.pdfVIP

生囤国缝里生捡瘴筮盍2Q螋生!Q旦筮≥!鲞筮§塑堡丛堡曼曼￡婴丛笪旦!生坐啦!望堡垒堕堡!：2Q螋：!丛12：盟!：§ [食品安全] 国境口岸食源性微生物检测基因芯片探针 设计新方法的研究 陆琳 刘国传 孙福军 (北京出入境检验检疫局，北京100026) 摘要SNP位点选择是国境口岸食源性微生物基因芯片检测探针设计的关键环节，目前主要依靠手工完成，严 重影响着检测速度和检测质量，为此提出了一种基于遗传算法的SNP位点的自动选择方法。该方法运用粗糙集理论 评估SNP位点组合的分类能力，综合与检测实验密切相关的设计指标，采用遗传算法进行优化搜索。实验结果表明， 该方法具有很好的稳健性和较快的收敛速度，能够准确地寻找食源性微生物的SNP位点组合，为大规模的检测芯片 探针自动设计提供了快速可靠的途径，缩短了国境口岸致病微生物的检测时限，提高了检测结果的准确性。 关键词 国境口岸；基因芯片；探针设计；遗传算法；食源性；微生物 [中图分类号)R155．5；TP201．3[文献标识码】B NewMethodofGene Probe forFood-borne DetectionatFrontierPortLu Chip Design Microorganism Lin，LiuGuochuan， Sun and 100026，China) Fujun．(BeijingEntry-exitInspectionQuarantineBureau，Beijing of forfood-borne selectionofSNPcombinationisof [Abstract]Inprocessgenechipprobedesign microorganismdetection，the great automaticaffected and ofdefection．Anew ofselectSNP importance．Atpresent，no design seriouslyspeed quMity approach combinationis inthis isusedtosearch of of solutiononthebasis SNP presentedpaper．Geneticalgorithm optimal classifyingabihty isevaluatedthe set correlative arealsobeen combination，whichby roughtheory．Otherexperimentalparameters incorporated． resultsshowedthatthemethodvailfindthebestSNPcombination and thatit Experiment patternefficientlyaccurately，whichimply canbeareliable forthe approachgenechipprobedesign． 【Keywords】Frontierport；Genechip；Probdesign；Genetic algorithm；Food—borne；Microorganism 性微生物检出率的关键问题一检测敏感性较低的问 1建立食源性微生物检测基因芯片检测体系的意 题。这样很容易造