关联分析定位水稻第4号染色体的芒性基因并结合连锁Awn4.1.pdfVIP

2010 年 第 55 卷 第 27-28 期：2777 ~ 2781 《中国科学》杂志社 快 讯 SCIENCE CHINA PRESS 关联分析定位水稻第4 号染色体的芒性基因并结合连锁 分析精细定位Awn4.1 ①* ①* ① ① ① ② ①③ ① ① 胡广隆 , 张冬玲 , 潘慧乔 , 李本 , 吴建涛 , 周雪崖 , 张群远 , 周雷 , 姚国新 , ① ① ①† ①† 李俊周 , 李金杰 , 张洪亮 , 李自超 , ① 中国农业大学农业部作物基因组学与遗传改良重点实验室, 北京市作物遗传改良重点实验室, 北京 100193; ② 生物信息学教育部重点实验室, 信息国家实验室生物信息学研究部, 清华大学自动化系, 北京 100084; ③ Division of Statistical Genomics, Washington University School of Medicine, St Louis, MO63110, USA * 同等贡献 † 联系人, E-mail: lizichao@; zhangl@ 2010-05-21 收稿, 2010-08-17 接受 国家重点基础研究发展计划(2010CB125904, 2004CB117201)和国家高技术研究发展计划(2006AA10Z158)资助项目 摘要 芒性是水稻一个重要的驯化相关性状, 但目前还没有其精细定位及关联分析的报道. 利用 关键词 303 份栽培稻微核心种质材料和一个200 株的BC5F2 分离群体, 考察其芒性表现和基因型, 通过关 水稻 联分析和连锁分析相结合的方法定位水稻第四号染色体的芒性基因. 首先, 运用logistic 回归进行 芒 标记与性状的初步关联分析, 在第4 号染色体上发现了5 个关联位点, 包括了前人所发现的所有位 关联分析 连锁分析 点. 然后, 在其中一个位点Awn4.1 的区间内加密标记, 通过连锁分析与关联分析相结合的策略将 基因定位 芒基因Awn4.1 精细定位在330 kb 的区间内, 为克隆芒基因Awn4.1 打下基础. 结果表明, 利用核心 种质材料, 结合连锁分析与关联分析方法能够更加高效和准确地定位水稻基因. 由于芒在水稻进化演化和生产 根据 Gramene 网站的报道, 目前发 位研究中得到广泛应用[14~21]. 中的重要地位, 水稻芒的遗传学研究 现大概有 31 个关于水稻芒基因的定 本研究中, 关联分析所用群体为 很早就受到科学家的关注 [1~3]. 过去 位结果 , 其中第 4 号染色体上有 7 个 本实验室 303 份微核心种质(包括 204 的研究表明, 水稻芒性这一性状相当 定位结果 (表 1), 大部分定位区间的 份中国栽培稻[22]和 99 份国外栽培稻, 复杂. 对水稻芒性基因的定位工作早 大小在 10~30 cM 的范围内. 目前, 见表 S1). 303 份微核心种质材料于 在 1963 年就有报道[2]. 最初, 人们认 尚没有关于芒性基因精细定位的报 2006 在三亚(18°09′N)和杭州(29°44′N) 为水稻芒性是分别位于第 3, 4,