原核生物系统发生学与分类学的一致性- 组份矢量树与原核生物分类系统的详尽比较.pdfVIP

中国科学 C 辑: 生命科学 2007 年 第37 卷 第4 期: 389~401 《中国科学》杂志社 SCIENCE IN CHINA PRESS 原核生物系统发生学与分类学的一致性: 组份 矢量树与原核生物分类系统的详尽比较 高 雷①② 戚 继①a) 孙健冬②③ 郝柏林①②④* (① 中国科学院理论物理研究所, 北京 100080; ②复旦大学理论生命科学中心, 上海 200433; ③ 中国科学院北京基因组 研究所, 北京 101300; ④ Santa Fe Institute, Santa Fe, NM87501, USA) 摘要 截至2006 年12 月31 日, NCBI 共有432 个原核生物的全基因组可供下载. 基于这些数 据, 我们用组份矢量方法构建了原核生物的进化树. 最新的《伯杰系统细菌学手册》的在线大纲 体现了细菌学家的分类系统. 我们对两者从各个分类单元、各个分支进行了详尽的比较. 组份矢 量方法所得到的亲缘树和伯杰分类系统在整体结构和绝大多数的细微分支上都相当一致. 同时, 两者的多数不同之处也已经在一定程度上为生物学家所知, 从而为原核生物分类系统的修正提 供了一定的启示. 本文重点阐述两者之间分岐之处的生物学含义, 而不再对居主导地位的相同之 处做详细叙述. 关键词 组分矢量方法 伯杰分类 原核生物亲缘树 原核生物分类 系统发生 CVTree 16S rRNA 原核生物分类中存在的问题由来已久. 从林奈 用小亚基核糖体 RNA(原核生物的 16S rRNA)前, 一 开始, 物种的分类一直主要基于它们的形态特征. 人 直没有适用于原核生物的分子钟. 16S rRNA 亲缘树 们更加强调对相似物种的分组, 而忽略了寻求它们 获得了巨大成功, 新版《伯杰系统细菌学手册》(后面 之间的进化关系. 直到 Zuckerkandl 和 Pauling[1]提出 简称《伯杰手册》)也在序言中申明: 他们的系统发生 使用保守的蛋白质序列作为进化“时钟”, 才使得系统 学工作更多地基于对小亚基核糖体RNA 的序列分析, [5] 发生学和分类学深入到分子水平. 这种方法对各种 而不是传统的表型特征 . 真核生物取得了或多或少的成功. 几年之前, 为了重 然而, 系统发生和分类并不是同义词. 恰当的分 建所有现存物种之间的进化关系, 美国国家科学基 类应该在主要的大分支和细微的小分支上都与系统 金启动了“组装生命之树”(assembling the tree of life, 发生相一致. 另一方面, 一套合适的系统发生关系也 AToL)计划[2]. 然而, 具有讽刺意味的是, 不久之前发 应该真实反映物种的进化历史. 最初的《伯杰手册》 [3] 表在 Science 杂志上的一篇构建生命之树的文章 , 是几代细菌学家系统分类的总结, 而该书的新版则 却缺少了占地球生物绝大多数的原核生物支. 更多地基于 16S rRNA 亲缘树. 因此, 《伯杰手册》 原核生物的系统发生学研究进展缓慢