计算机应用技术论文：虚拟筛选 化学数据库应用系统 Hibernate.docVIP

计算机应用技术论文：桌面化学数据库应用系统-ChemDataBase2的研究和实现 【中文摘要】在大规模虚拟筛选实验的过程中,化学家需要对虚拟筛选实验所需的海量数据进行存储,需要对特定靶标蛋白的活性位点和多种类型的小分子化合物的结构进行分析并查询和编辑这些小分子化合物,需要根据柔性和半柔性对接软件对分子格式的特定需求来转换化学分子文件的格式,需要调用专业的数据分析软件来分析对接实验的结果。因此,提供一个支持个性化检索,编辑,管理的可视化化学分子管理环境,使其能够方便的显示和编辑多种常用的化学分子文件格式是必须的。ChemDataBase虽然具有化学数据的导入、导出、修改、查找、可视化显示等较为强大的功能,但它仍然不能完全满足上述需求。为更好的支持虚拟筛选实验的需求,本文对ChemDataBase系统原有的功能进行了改进,设计开发了ChemDataBase2化学数据库应用系统。作为ChemDataBase的升级版本,ChemDataBase2显著的功能特色如下：一、采用Hibernate技术实现对远程数据库的访问,满足了虚拟筛选实验对海量数据的需求。二、扩展了系统支持的文件类型,增加了mo12文件类型的解析和批量导入。三、实现了分子格式的转换,满足了不同的柔性或半柔性对接软... 【英文摘要】During the process of large-scale virtual screening experiment, chemists need to store mass molecule data, need to analyze the active site of specific target proteins and structure of a variety of types of small molecule compounds and inquiry or edit these small molecule compounds, need to convert format of chemical file according to requirement of the semi-flexible/flexible docking software for specific format, need to invoke data analysis software to analyze the docking results. Therefore, it is necessary... 【关键词】虚拟筛选 化学数据库应用系统 Hibernate 【英文关键词】Virtual Screening Chemical Database Application System Hibernate 【目录】桌面化学数据库应用系统-ChemDataBase2的研究和实现 中文摘要 3-4 Abstract 4 第一章 绪论 7-12 1.1 研究背景 7-8 1.2 国内外研究现状 8-10 1.2.1 研究现状 8-10 1.2.2 研究现状分析 10 1.3 本文的主要工作 10-11 1.4 本文的组织结构 11-12 第二章 关键技术研究 12-20 2.1 Eclipse集成开发环境 12-15 2.1.1 Eclipse平台 12-13 2.1.2 插件机制 13-14 2.1.3 SWT和JFace 14-15 2.1.4 Rich Client Platform 15 2.2 Hibernate框架 15-17 2.2.1 Hibernate的原理 15-16 2.2.2 Hibernate API 16-17 2.3 JDBC 17-20 第三章 ChemDatabase2系统概述 20-36 3.1 显示层 21-29 3.2 业务逻辑层 29-31 3.3 数据访问层 31-33 3.4 数据层 33-36 第四章 ChemDatabase2特色功能的实现 36-48 4.1 远程数据库的访问 36-40 4.2 mol2文件的解析及批量导入 40-42 4.3 数据分析软件调用模块的设计实现 42-45 4.4 文件格式转换模块的设计实现 45-46 4.5 属性表刷新功能的实现 46-48 第五章 示范应用 48-51 5.1 示范应用描述 48-49 5.2 示范应用的实现 49-51 第六章 结论与展望 51-53 6.1 本文工作总结 51 6.2 未来工作展望 51-53 参考文献 53-55 在学期间的研究成果 55-56 致谢 56