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生物信息学培训教材 北京华大基因研究中心 目录 第 1 章 Unix/Linux操作系统介绍4 1.1 文件和目录相关4 1.2 压缩和解压缩4 1.3 进程及其他 5 1.4 远程登陆 6 1.5 软件安装简介12 第 2 章 数据的基本处理13 2.1 测序原理介绍13 2.2 峰图转化 Phred13 2.3 Phd2Fasta 20 2.4 载体屏蔽 Crossmatch23 2.5 序列聚类拼接29 2.5.1 Phrap29 2.5.2 Cap3 39 2.6 Consed 43 2.7 Primer3 57 第 3 章 序列的比对 62 3.1 全局比对 62 3.1.1 Clustalw 62 3.1.2 MUSCLE 78 3.1.3 HMMER 81 3.2 局部比对 85 3.2.1 Blast 85 3.2.2 blat 98 3.2.3 blastz 104 3.2.4 GeneWise 110 3.2.5 Fasta 119 3.2.6 Exonerate 127 3.2.7 Sim4 132 第 4 章 基因组/基因的注释140 4.1 重复序列分析140 4.1.1 RepeatMasker140 4.1.2 Trf 151 4.1.3 LTR_STRUC155 4.2 RNA分析 158 4.2.1 tRNAScan158 4.2.2 MicroRNA163 4.2.3 snoRNA171 4.2.4 rRNA（rfam）175 4.3 基因预测 179 4.3.1 Glimmer179 4.3.2 GlimmerM184 4.3.3 Genscan188 4.3.4 TwinScan191 4.3.5 BGF 193 4.3.6 Fgenesh196 4.4 基因功能注释198 4.4.1 InterproScan198 4.4.2 WEGO 203 第 5 章 SNP分析 209 5.1 Polyphred 209 5.2 SNPdetector 215 5.3 CrossMatch 221 第 6 章 进化分析专题224 6.1 Phylip 224 6.2 Paml 230 6.3 KaKs_Calculator237 6.4 FGF 244 6.5 mega 257 第 7 章 基因表达分析专题261 7.1 EST(Expressed Sequence Tag)表达序列标签（EST）分析261 7.1.1 EST基本介绍261 7.1.2 EST分析流程介绍264 7.1.3 EST的应用278 7.1.4 实例 279