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马尔柯夫及隐马尔柯夫模型 DNA 序列分析.pdf
7.91/7.36/BE.49
0
第 四 讲
2004.3.4
马尔柯夫及隐马尔柯夫模型
DNA 序列分析
Chris Burge
课 程 结
课 时 主 题 模 型 结 相关
加权矩
完全独立
阵模型
隐马尔柯
局部相关
夫模型
能量模型,共
非局部相关
变模型
DNA 的马尔柯夫及隐马尔柯夫模
型
剪接位点的马尔柯夫模型
隐马尔柯夫模型
—— 在头巾下观看
威特比(Viterbi) 演算法
真实世界中的隐马尔柯夫模型
DNA 基序 建及发现简介
剪接位点的加权矩阵模型
(WMMs )
模体 (motif) 代表的信息
模 的寻找或发现问题
吉布斯采样法
模 建——加权矩阵之上
DNA 、 RNA 基序包含的信息
信息熵 (shannon
entropy )
信息/ 位置
m
随机序列中每 2 个碱基将产生一个包含 m 比特信息
的模
变量对发现基序的影响
L =序列平均长度
N =序列编码
I =模 包含的信息
W =模 宽度
怎样识别 5’ss
RNA 热力学 I
螺旋构型自由能来自于:
碱基配对:
碱基堆积:
Doug Turner’s 能量规则:
RNA 热力学
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