马尔柯夫及隐马尔柯夫模型 DNA 序列分析.pdfVIP

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马尔柯夫及隐马尔柯夫模型 DNA 序列分析.pdf

7.91/7.36/BE.49 0 第 四 讲 2004.3.4 马尔柯夫及隐马尔柯夫模型 DNA 序列分析 Chris Burge 课 程 结 课 时 主 题 模 型 结 相关 加权矩 完全独立 阵模型 隐马尔柯 局部相关 夫模型 能量模型,共 非局部相关 变模型 DNA 的马尔柯夫及隐马尔柯夫模 型  剪接位点的马尔柯夫模型  隐马尔柯夫模型 —— 在头巾下观看  威特比(Viterbi) 演算法  真实世界中的隐马尔柯夫模型 DNA 基序 建及发现简介  剪接位点的加权矩阵模型 (WMMs ) 模体 (motif) 代表的信息 模 的寻找或发现问题 吉布斯采样法 模 建——加权矩阵之上 DNA 、 RNA 基序包含的信息 信息熵 (shannon entropy ) 信息/ 位置 m 随机序列中每 2 个碱基将产生一个包含 m 比特信息 的模 变量对发现基序的影响 L =序列平均长度 N =序列编码 I =模 包含的信息 W =模 宽度 怎样识别 5’ss RNA 热力学 I 螺旋构型自由能来自于: 碱基配对: 碱基堆积: Doug Turner’s 能量规则: RNA 热力学

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