黄瓜全基因组热激转录因子(HSFs)的鉴定与表达分析.pdfVIP

Hereditas (Beijing) 2014 年4 月, 36(4): 376 ―386 研究报告 黄瓜全基因组热激转录因子(HSFs) 的鉴定与表达分析 1,2 1,2 1,2 1,2 1,2 1,2 陈先知 , 王燕 , 史建磊 , 朱隆静 , 王克磊 , 徐坚 1．温州科技职业学院, 温州 325006; 2．温州市农业科学研究院, 浙南作物遗传育种重点实验室, 温州 325006 摘要: 热激转录因子 (Heat shock factors, HSFs) 普遍存在于整个生物界。尽管植物HSFs 的DNA 结合域具有 较高的保守性, 但其结构特征、生物功能具有多样化的特点。本文利用黄瓜(Cucumis sativus L.)全基因组测序结 果, 运用生物信息学方法鉴定了黄瓜HSFs, 并对其数量、序列特征、染色体定位以及系统发育关系等进行分析。 结果表明, 黄瓜至少含有21 个 HSFs 基因家族成员, 编码 184 ～560 个氨基酸, 分子量 21.2~62.3 kDa, 等电点 (PI)4.70~9.10; 序列比对发现这些成员都具有转录因子特有的DNA 结合域(DNA binding domain, DBD); 染色体 定位分析表明, 除Csa026480 之外, 其余HSFs 不均匀分布在黄瓜7 条染色体上。从拟南芥(Arabidopsis thaliana ) 和黄瓜HSFs 系统发育树可以看出, 这些转录因子分为3 个分支, 其中 Ⅰ分支进一步可分为3 类(A 、B 、C 类), 系 统发育分析揭示黄瓜HSFs 蛋白存在9 对直系同源蛋白, 3 对旁系同源蛋白, 表明HSF 转录因子基因家族的多样 化发生在黄瓜和拟南芥分化之前。EST 表达分析发现这些热激转录因子参与黄瓜的果实、雌花和两性花的发育 与形成; 通过qRT-PCR 分析, 发现这些基因在黄瓜苗期应对高温热激响应中表达水平存在显著的差异。研究结 果为进一步分析黄瓜热激转录因子奠定了基础。 关键词: 黄瓜; 热激转录因子; 生物信息学; 耐热性 Genome-wide identification, sequence characteristic and expression analysis of heat shock factors (HSFs) in cucumber Xianzhi Chen1, 2, Yan Wang1, 2, Jianlei Shi1, 2, Longj ing Zhu 1, 2, Kelei Wang1,2, Jian Xu1,2 1. Wenzhou Vocation College of Science Technology, Wenzhou 325006, China; 2. Wenzhou Academy of Agricultural Sciences, Key Laboratory of Crop Breeding in South Zhejiang , Wenzhou 325006, China Abstract: Heat shock factors (HSFs) are ubiquitous in eukaryotes with diversification in structural feature and biological function in plants. Based on the availability of whole cucumber genome sequences, we characterized the cucumber HSFs gene family which contains at least 2 1