戴尔HPCC助力川大化工学院.doc

戴尔HPCC助力川大化工学院相 比于实力雄厚的专业研究院所，我国的高校科研机构更容易受到预算条件的硬性约束，因此它们对于高性价比的研究设施，往往有着更迫切的需求。正因为如此，以 “标准化”和“按需定制”为特色的戴尔高性能计算方案一经推出，就受到了高校科研机构的普遍欢迎。近年来，已有多所著名高校引进了戴尔的HPCC方案； 2004年12月，在国内化学化工研究领域颇具声望的四川大学化工学院也引进了一套小规模的戴尔HPCC系统，以支持该院计算化学和理论化学的教学与科研 工作。 这套HPCC系统共有14个节点，包括13个计算节点和1个管理节点，全部由最新型的戴尔PE1850服务器担任。这些PE1850均配备了主 频高达3.0GHz的双英特尔至强处理器、采用了英特尔最新的E7520芯片组，并应用了EM64T、PCIExpress等多项新技术，因而它们能够在 1U的高度内，集成最强大的数据处理性能。 在数据存储方面，上述所有计算节点均配备了2GB内存和1块73GB硬盘，而管理节点则配备了4GB内存和2块73GB硬盘——该管理节点在承 担“系统监控”、“计算任务分发”等常见管理职能的同时，还承担着独立计算节点、用户网关、特别是I/O节点和系统数据中心的重要使命，可谓“身兼数 职”，因此其配置水平高于普通计算节点。 上述各个节点通过2套相互独立的内部网络实现连通。其中，1套是以戴尔PowerConnect 5324千兆交换机为中心的“计算网络”，其主要职能是实现计算节点之间的通信，以便这些节点开展并行协作，完成复杂的数值计算和数据处理任务；另一套是 以戴尔PowerConnect 2224百兆交换机为中心的“管理网络”，其主要职能是传输系统管理指令，以完成计算任务的分发和系统的监控，确保整个HPCC系统的正常运转。 目前，该套HPCC系统主要被用于支持川大化工学院正在开展的三方面理论和计算化学研究，这些课题包括：由李象远教授主持的“非平衡溶剂化理论 研究”、“光诱导电子转移研究”、以及“计算机辅助药物设计研究”。其中非平衡溶剂化理论等方面的理论和计算方法研究在国内外有重要影响。在这上述课题 中，该HPCC系统的具体任务是运行Gaussian、CPMD、HONDO、GAMESS等计算化学软件和承担有关非平衡溶剂效应和生物信息学的相关计 算程序的设计和调试工作。 系统自2005年初正式上线后，运行状态稳定。川大化工学院计算化学研究室的何荣幸博士是该系统的主要用户之一，他介绍了一些具体应用情况： “我们有些项目，如光诱导电子转移和药物设计，需要比较长的计算时间；有些计算软件，如Gaussian、HONDO等，在运行过程中需要大量的存储空 间，这些都对HPCC系统的稳定性能和数据处理能力有比较高的要求。这套HPCC系统具有良好的持续可用性和较大的数值计算能力，它在完成上述计算任务 时，表现令人非常满意。” 最后，何博士还特别肯定了戴尔HPCC系统的“标准化”和“按需定制”特征，以及由此而产生的独特的性价比优势。戴尔能够根据用户的需求，为其 提供个性化的机型配置方案与灵活的系统组建方案，这种模式使用户在预算许可的范围内，获得了最理想的计算性能与最优化的采购成本。另外，戴尔设备都是标准 化的，用户可以根据计算需求的不断增长，或增加节点的数目，或提高单一节点的配置，从而实现真正的按需求增长付费。 四川大学化工学院高性能计算群集（HPCC）拓扑图