雅罗鱼亚科的主要分布及其形态特征.docVIP

1.前言 1.1雅罗鱼亚科研究概况 1.1.1雅罗鱼亚科的主要分布及其形态特征 雅罗鱼亚科（Leuciscinae) 是鲤形目(Cypriniformes)鲤科(Cyprinidae)的一个重要的分支。它经济价值高，为我国北方常见的名贵鱼类，大部分为杂食性或草食性鱼类，少数为肉食性种类。在我国分布范围很广，目前我国有14属24种。主要有雅罗鱼属、三块鱼属、拟赤梢鱼属、欧鳊属、青鱼属、草鱼属、赤眼鳟属以及较少见的鳤、鱤、鯮等属。其代表物种有青鱼、草鱼、赤眼鳟、欧鳊等。 雅罗鱼亚科共同的特征为第5眶下骨不与眶上骨相连；背鳍起点与腹鳍起点相对，如背鳍较靠后，则侧线鳞为50左右。 1.1.2雅罗鱼亚科的分类鉴定与研究现状 传统的的分类研究方法多以形态、骨骼等形态学研究为主，虽然这种方法简单、易操作、且较实用等优点，但仅仅凭借形态学鉴别会受到趋同进化等因素的干扰，准确性不是很高。其次在传统的分类中对亚科的划分界限不是很清晰，只是将鲤科中近裔特征不是很明显的低等类群都归入雅罗鱼亚科和dan亚科。[1J它只是一个不同低等鱼类的集合体，这种分类方法带有很大的不确定性，亟需进一步完善。 目前关于雅罗鱼的系统分类还未取得一致的认识：何舜平、陈宜瑜认为雅罗鱼亚科分为两个互不相干的单系群：北美、欧洲、西伯利亚的雅罗鱼亲缘关系近，为一个单元群，而分布于东亚的雅罗鱼类如青鱼、草鱼、赤眼鳟等为另一个单元群；Howes将鯮鱼属(Luciobrama)从雅罗鱼亚科分出，建立了赤梢鱼群(Aspine)；陈湘粦将须 属（Tinca)归入鲃亚系。并建立须 亚科；陈星玉则认为不应将须 从雅罗鱼亚科中分出去[2]。 1.1.3本实验的目的及意义 随着现代分子生物学的发展，分子生物技术被广泛应用到鱼类的系统发育研究中来，为进一步理清亚罗鱼亚科鱼类的亲缘关系提供了可能。本文通过对雅罗鱼亚科所属物种的多个基因片段进行系统发育分析，期望能明确其在鲤科鱼类中的地位，为进一步的科学研究提供扎实的理论基础及保障。 实验材料及方法 2.1外群的确定 外群：与分析序列相关的生物序列，且具有较远的亲缘关系。 在构建系统发育树的过程中需要选择若干外群作为参照，以便对比较对象进行系统发育分析。 外群与研究对象的亲缘关系不能太近，否则会与研究对象混在一起，对树型有影响，也不能太远，否则起不到参照的作用。 依据上述原则本文选择的外群是同属鲤形目（cypriniformes)鲤科（cyprinidae)的鲫鱼(carassius)和鲤形目（cypriniformes)鳅科（cobitidae)的泥鳅（Misgurnus anguillicaudatus)作为外群。 2.2基因片段的选取 就某一亚科内同一类群的研究而言，基因序列越长，所含数据信息也就越丰富，所构建的系统发育树可信度也越高。 遵循这一原则，本文选择了Cytb、ND4、个基因片段，并力图通过多个角度构建系统发育树，研究雅罗鱼亚科中不同物种的分类地位。 Cytb是线粒体基因中最常用的基因片段之一，因其母系遗传、无内含子、且缺少重组的遗传物质，故常用于物种的系统进化和分类地位的研究。 线粒体基因中的ND4基因是编码NADH脱氢酶亚基的蛋白质编码基因。与其它线粒体基因相比ND4进化速率居中，在重建亲缘关系较远的类群的系统发育关系时，能构建出置信度更高的系统发育树。此外ND4含有更多的核苷酸位点，所含信息量也更大，建的树可信度也更高。 2.3基因序列的获取 本实验中从NCBI数据库中下载到Cytb和ND4基因序列的物种有雅罗鱼属的瓦氏雅罗鱼、草鱼、赤眼鳟、丁鱥、湖鱥、拉氏鱥、拟赤梢鱼、欧鳊、青鱼、真鱥、珠星三块鱼、朝鲜鱥、三块鱼、中村三齿雅罗鱼、玫瑰三齿雅罗鱼、鲫鱼、泥鳅。雅罗鱼亚科的其他物种的基因片段则因Genbank中未收录该基因而未能下载。这也是本实验不足的地方。具体操作步骤如下： 登陆NCBI中Genbank主界面，输入物种的拉丁学名，分别选定Cytb、ND4、ATP6这三个基因片段，点击进入，点击其中的FASTA键，进入含有该基因片段序列的界面，将不同物种同一基因片段的序列以纯文本格式保存在一个文件中。 2.4系统进化树的构建 2.4.1本文用到的构建系统发育树的方法简介： 系统发生树推断就是根据某一标准，从给定的数据中推导、计算出其中最符合要求的树的过程。具体到本实验中就是通过对下载的基因序列的处理，得到雅罗鱼亚科的系统发育树。 目前常用的推断方法大体分为两大类：基于算法的构建方法和基于最优原则的构建方法。 （1）基于算法的构建方法常见