CODEHOP法设计简并引物克隆鲫鱼肌钙蛋白C（TnC）基因及序列分析.pdfVIP

中国兽医杂志 2015年 (第51卷)第 1期 91 CODEHOP法设计简并 引物克隆鲫鱼 肌钙蛋 白C(TnC)基 因及序列分析 卢玉婷 ，张雅斌 ，王建超 ，吉尚雷 ，杜晓燕 ，张培军。，李月红 (1．吉林农业大学动物科学学院 ，吉林 长春 130118；2．吉林省水产科学研究院 ， 吉林 长春 130000；3．吉林省卫生监测检验中心 ，吉林 长春 130000) 摘要：本文结合生物信息学资源和生物软件的使用，针对特定的氨基酸序列设计简并引物 ，利用CODEHOP法设计简并 引物克隆鲫鱼肌钙蛋白C(TnC)基因，并构建系统进化树。证明该基因片段与其他鱼类TnC基因具有较高的同源性，其中与 斑马鱼同源性最高达到96％，与大西洋鲑、白斑狗鱼、虹鳟、斜带石斑鱼、斑点叉尾鲴 的同源性分别为92％、92％、91％、91％、 85％。研究表明，应用此种方法设计出的引物简并度相对较低，Tm值的修改较为灵活，产物特异性强。 关键词：鲫鱼 ；简并引物 ；CODEHOP；肌钙蛋白C(TnC) 中图分类号：Q789；$917 文献标志码：A 文章编号：0529—60O5(2015)01_oo9卜03 CoDEHoPMethodDesignDegeneratePrimersCloningand CharacterizationofTroponinC genefrom Carp LUYu—ting ，ZHANGYa—bin ，WANGJian—chao ， JIShang—lei，DUXiao—yan。，ZHANGPei-jun’，LIYue—hong (1．CollegeofAnimalScienceandTechnology，JilinAgriculturalUniversity，Changchun130118，China；2．FreshwaterFisheries ResearchInstituteofJilinProvince，Changchun130000，China；3．JilinCenterfouHealthLaboratory，Changchun130000，China) Abstract：Wedesigneddegenerateprimersforaspecificaminoacidsequence，combiningbioinformatiesresourceswiththebiology software．CODEHOPmethodwasusedtodesigndegenerateprimerstoclonecarptroponinC(TnC)geneandtoconstructphylogenetictrees． Thispaperprovedthathtegenerfagmentsshowedhig【hhomoloyg tootherfishTnCgenesandrevealedhtehighesthomoloyg of96％with Daniorerio，nad92％ ，92％ ，91％ ，91％ ，85％ compraedwithSalmosalar，Esoxlucius，Oncorhynchus myk~s，Epinephelus coioides，Ictalurus punctatushomologousrespectively．Theresultsindicatedthatdegeneracyrateofthesedegenerateprimerswasrelativelylow，Tm value modificationwasmoreflexible，andcouldbeusedtoobtainspecificRT—PCRproducts． ． Keywords：Carp；degenerateprimer；CODEHOP；TroponinC(TnC) Correspondingauthor：LIYue—hong 鲫 鱼 (Carp)属鲤形 目(Cypriniformes)，鲤科 参与执行 。肌钙