抗菌肽数据库简介.pdfVIP

4 生物学通报 抗菌肽数据库简介 马宝林Ⅵ 李夏兰2 宋宝珍，+ (1巾围科学院过程T程研究所北京1000802华侨大学生物T程与技术系 福建泉州 362叭t) 摘要 随着抗菌肽研究的不断发展，科研工作者建立了抗菌肽数据库。这些数据库使得抗菌肽的 研究更加方便。就几个重要抗菌肽数据库的内容和使用方法作一简介。 关键词 抗菌肽 数据库 生物信息学 抗菌肽是一类具有抗微生物活性的小分子多肽。氨 的抗菌肽进行序列比对，找出最为相似的5种抗菌肽。 基酸数一般小于100。抗菌肽具有分子量小、稳定性好、 广谱抗菌、无毒副作用等特点。在农业、医药、食品等领 域有广泛的应用前景，现在是各科研单位、企业、公司等 Well—handled 研究和开发的热点。通过抗菌肽数据库我们可以更加方 ing—error AlignmentT00l，即能更好处理错 便地对抗菌肽进行各种研究，包括序列比对、分析，结构 误序列的比对工具。它是由APD的工作者们自己开发 预测，结构和功能关系的研究，分子改造设计等。 的，用来比对、分析cDNA和基因组序列，从而得出外显 1 APD数据库 APD是theantimicrobial peptidedatabase的缩写， 是专门收录各种抗菌肽的数据库，由美国Nebraska大更大的容忍能力。 2 ANTlMlC数据库 学医学中心的Eppley研究所维护。网址http：／／aps．un— mc．edu／AP．APD收录的抗菌肽主要来自于PDB。Swiss— ProtProtein NationalLi— Knowledgebase以及PubMed of braryMedicine．该数据库现已收录559种抗菌肽．主 页上把抗菌肽分为4种，抗病毒的28种。抗真菌的1551 种，抗癌细胞的18种，抗细菌的500种。每种抗菌肽都 有一个以AP开头的5位数字组成的编号，同时，提供 个工具界面——Antimic Drofilemodule。 了PDB或SwissProt的链接。APD提供了抗菌肽的查 询、预测、设计等功能，是研究抗菌肽结构和活性的有 的搜索、分析、入库、去除相同或冗余的序列，最后生成 力工具。 APD的主页上方有9个按钮．分别为About、Searc— h、Statistics、Design、Prediction、Tools、Links、Eduation、(BioWareRetreive Contact。下面还提供了浏览抗菌肽的4个按钮：Antiviral M— arePrep Peptides，AntifhngalPeptides，AnticancerPeptides，Antibac— terial Peptides。点击可按APD的编号进行浏览，每种抗 菌肽包括APD编号、名称、物种来源、序列、长度、结构、 除相同或冗余序列等步骤后，还要把所有数据进行人工 参考文献、作者等信息。About是对APD的简介。Search 核对，以确保ANTIMIC中AMPs的准确无误。 使得我们可以方便地对抗菌肽进行检索。检索条件包括 APD编号、所含序列、名称、数据库来源、结构、疏水性、 电荷、长度、抗菌活性。Statistics对数据库所收录的抗菌 Profile、Help． 肽进行了简单的统计与分析，如各种抗菌肽所占的百分 Blast是现在应用最广泛的序列相似