基于 ZmDEP 1基因的玉米籽粒性状关联分析.pdfVIP

新 疆 农 业 大 学 学 报 2O14，37 5 ：356～361 JournalofXinjiangAgriculturalUniversity 文章编号 ：1007—8614 2014 05—0356—06 基于ZmDEP1基因的玉米籽粒性状关联分析 白光红 ，李 林 ，杨小红 ，李 青 ，吴鹏吴 ，李建生 1．新疆农业大学 农学院，乌鲁木齐 830052；2．中国农业大学 国家玉米改 良中心 农业部作物基 因组学与遗传改 良重点实验室 ，北京 100193 摘 要 ： 以水稻籽粒产量相关 的OsDEP1为候选基 因，利用生物信息学分析方法获得 了其在玉米 中同源基 因 ZmDEP1的全长并进行了基因结构划分和验证，将该基因与玉米粒重相关基 因QTL—q300k20和 QTL—qgrwt6共 定位 。将 ZmDEP1基因的3端在一个 由 121份优 良玉米 自交系组成的关联群体 中进行测序及多态性位点测定 ， 结合北京和海南两个环境下的籽粒性状表型数据进行关联分析 。发现该基 因3UTR的一个单核苷酸多态性位点 SNP $182，两种环境下都与粒重和籽粒体积相关，表明S182可能是一个影响玉米粒重、体积的功能位点。 关键词 ： 玉米 ；籽粒性状 ；关联分析 中图分类号 ：S513 文献标识码 ：A AssociationAnalysisofKernelTraitsin M aize BasedonZmDEP1Gene BAIGuang—hong ，LILin ，YANG Xiao—hong ， LIQing ，WU Peng—hao ，LIJian—sheng。 1．CollegeofAriculture，XinjiangAgriculturalUniversity，Urumqi830052，China；2．KeyLabof CropGenomics GeneticImprovement．MinistryofAgriculture，NationalMaizeImprovement CenterofChina，ChinaAgriculturalUniversity，Beijing100193，China Abstract： TakingOsDEPlrelatedtOricegrain yieldascondidategene，theanalysismethodofbiological informationwereappliedtOobtainthefull—lengthofhomologousgeneZmDEP1in genomicsequencesof ZmDEP 1genein maizeandtoconducttheclassificationandidentificationforgenestructure，atthesame timethegenewithQTL—q300k20relatedtomaizekernelweightandQTL—qgrwt6weremapped．The3end ofZmDEP1inassociationpopulationcomposedof121setsofgoodstrainsofmaizeweresequencedand polymorphism genelocusweredetermined．Theassociationanalysiswereconductedforphenotypicdataof kerneltraitsofmaizeunderthetWOenvironmentsofBeijingandHainan．Itwasfoundthatonesinglemu— cleotidepolymorphism genelocus SNP S182ofthegene3 UTR wererelated tothevolumeofmaize kernel，which suggestedthat$182mightbeonefunctionallocusaffectingthemaizekernelweightandvol— U m e． Keywords： maize；kerneltrait；associationanalysis 关联分析具有研究周期短、定位精度好 、投入产 平的比较基 因组研究结果为我们选择合适 QTL提 出比高等优点，构建好合适关联分析平台后 ，就可 同 供了很好的参考。Song等Ⅲ研究证 明，控制水稻籽 时对多种性状开展研究 。目前 ，已经定位了大量 的 粒大小的基 因与小麦 、玉米有较好的共线性和 同源 玉米产量以及产量相关性状的QTL，产量性状直接 性 。Zhang等嘲利用同源克隆方法克隆了水稻中控 进行 图位克隆较困难 。比较基 因组 ，尤其是