生物信息学之数据库及在线分析工具.pptVIP

（3）PIR (Protein Information Resource) 由National Biomedical Research Foundation 创办 蛋白质家族分类 蛋白质整合信息 （4）PRF (Protein Research Foundation) http://www.prf.or.jp/en/os.html 由日本的 Protein Research Foundation 创办 已发表在杂志上的蛋白质序列 修饰位点、S－S键等 两月更新一次 （6）Prosite /prosite 蛋白质家族 结构域 3、结构数据库 （1）PDB (Protein Data Bank) 由 Brookhaven National Laboratories 创办 蛋白质 核酸 其它 57, 103 个结构图（2009.2） 可通过 BLAST 系统检索 X 射线衍射图、 核磁共振（NMR） 光谱图和电镜图（文字和三维结构图） （2）SWISS-3D IMAGE http://www.expasy.ch/sw3d/ 蛋白质的平面和立体图 来源于实验结果 理论模型 4、酶和代谢数据库 （1）KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) 各种代谢、遗传等路径图 可检索参于各种路径的基因 KEGG主页http://www.genome.ad.jp/kegg/点击“PATHWAY” “PATHWAY”网页点击任何代谢路径，如糖酵解/糖原异生途径（Glycolysis/Gluconeogenesis) 检索Genetic Information Processing KEGG主页点击“PATHWAY” “PATHWAY”网页点击任何遗传信息路径，如 Protein export 路径 可以查看参加这一路径蛋白质的信息 检索Environmental Information Processing KEGG主页点击“PATHWAY” “PATHWAY”网页点击任何Environmental Information Processing 路径，如 MAPK signaling pathway 路径 可以查看与这一路径相连的其它信号路径或参加这一路径的蛋白质信息 检索Cellular Processes KEGG主页点击“PATHWAY” “PATHWAY”网页点击任何Cellular Processes 路径，如 Cell cycle 路径 可以查看与这一路径相连的其它信号路径或参加这一路径的蛋白质信息 （2）PKR (Protein Kinase Resource) /pkr/Welcome.do 多种检索内容 已知蛋白激酶的序列比较 蛋白激酶分类 蛋白激酶的三维结构 其它参考资料 5、物种分类数据库 物种分类 界（Kingdom） 门（Phylum） 纲（Class） 目（Order） 科（Family） 属（Genus） 种（Species） 每一分类等级下可加设亚级（Sub-），如亚门、亚纲、亚科等。 每一分类等级上可加设总级（Super-），如总纲、总目、总科等。 动物界（Animal） 脊索动物门（Chordata） 脊椎动物亚门（Vertebrata） 哺乳纲（Mammalia） 啮齿目（Rodentia） 鼠科（Muridae） 小家鼠属（Mus） 小家鼠种（musculus） 举例： Mouse：Mus musculus Human：Homo sapiens Arabidopsis：Arabidopsis thaliana Taxonomy /Taxonomy/taxonomyhome.html 拟南芥系谱（lineage） 各个物种的系谱树 在NCBI Entrez Taxonomy Homepage网页点击“tree” 在“tree”网页点击任一物种名，如“Eukaryota” 真核生物的系谱(lineage) 6、文献数据库 各种杂志、书刊上发表的文章 大多数有摘要 （1）PubMed /PubMed/ 美国国家医学图书馆的数据库 医学 分子生物学 基础生物学 5300多种刊物，来源于70多个国家 刊物年限：1948年至今 （2）OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man) NCBI 的数据库 人类基因 遗传疾病 每天更新数据 条目 /sites/entrez?db=OMIM （3）Agricola