量子化学与计算化学“集群”应用实践.pdfVIP

量子化学与计算化学“集群应用实践 郑康成 近年来，国际上量子化学与计算化学的研究突飞猛进，特 剂条件下的UV吸收与发射光谱、激发态及其光裂解DNA的性 别是密度泛函理论(DFT)与含时DFT(TDDFT)理论的发质，以及药物与DNA作用机理的计算等，这些巨量的计算研究没 展，使过渡金属配合物大分子的结构与性质的精确计算成为可 有“集群”是绝对不可能的。 能，量子化学的H-F从头计算与DFT／TDDFT计算已成为国2005年11月中旬开始，笔者主要运用校“集群”进行这些国 际上理论化学计算的主流，并深人到化学的各门学科及交叉的 际前沿课题的计算研究。在短短一年多时间里取得了不少成果， 各个领域，形成实验学科与理论学科紧密结合的特色及迅猛发 在国内外著名的杂志了发表论文7篇，参加两次国内重要的学术 展的势头。 会议及发表系列论文。大家深感到学校“集群”的建成与使用对 于进入这些国际前沿领域的研究以及培养理论与计算化学方向的 研究及应用 博士生非常及时、至关重要。在此，谨向校“集群”网络管理与 笔者作为一名化学院的教师，是量子化学与计算化学“集群” 工程人员深表谢意。 的用户之一。主要从事两个方向的研究：生物无机量子化学与计 算化学；药物量子化学、计算化学与分子设计。 展望 生物无机量子化学与计算化学：以生物无机化学为主要实验 “集群”在学校化学与化学工程学院、物理与物理工程学院及 背景，应用当前国际上先进的量子化学、分子力学及计算化学软 生命科学等学院已有广泛的应用，并正在发挥着越来越大的作用。 件，研究一系列生物无机配合物(如钌多吡啶类配合物、金属卟 特别是对于化学的各门学科及其交叉学科，涉及的计算范围包括 啉类配合物等)的电子结构与相关性质，配合物与DNA的作用过渡金属配合物、簇合物、高分子，超分子的电子结构与相关性 机理；配合物对DNA的键合规律、光裂解规律、电子传递规律、质；功能材料、分子器件、催化剂及新型药物的分子设计及构效 光谱性质、发光机制及调控规律；计算研究金属酶、蛋白质等化 关系，生物化学过程中的作用机理分析，活性部位及有机、无机 合物模型的电子结构与相关性质。从理论上解释有关的实验现象 与规律，进而指导具有生物化学功能的新分子，新器件、新材料 学、热力学、溶液化学、激发态化学、催化过程位能面及微观反 的设计与合成，并为配合物与生物体系物质间的作用机理分析提 应动力学等的计算研究。可以预言，在化学与化学工程学院，将 供理论参考。 有越来越多的师生需要使用“集群”，这是实验与理论计算相结合 药物量子锯学、计算化学与分子设计：以药物化学和生物化 的需要，是进行国际前沿和交叉领域研究的需要，是当前学术研 学为主要实验背景，应用量子化学、分子力学和计算化学等方法， 究的趋势。 以具有良好抗肿瘤活性的钉多吡啶类配合物、喹唑啉类化合物为 然而，学校的“集群”仍处于“初级阶段”，仅64个节点，远 突破点，计算研究药物化合物分子的电子结构、几何结构、分子 跟不上计算的需求。这与国际及国内一些名校差距较大，国际一 性质(广义结构)的各种参数，研究其电子结构与相关性质；建 立定量构(广义结构)效(活性)关系方程(QSAR)；同时，应 用国际上先进的计算机模拟软件进行三维定量构效关系(3D—高性能并行群集式系统及64个CPU的SGI系统；拥有各种量子 QSAR)的研究，从二维与三维的结合、量化学与分子力学的结化学计算软件包及分子力学、动力学模拟软件，可进行深入的 合，及QSAR与分子设计的结合上形成特色。 机理研究。在国内，厦门大学最近购置了16颗CPU的SGI大 此外，进行抗癌药物与DNA作用机理的理论研究，旨在为型机，主要用于量子化学及催化性质的计算。学校现有的计算 药物的分子设计及作用机理分析提供理论基础。 硬件资还不够化学与化学工程一个学院使用，因此，笔者提议 这些研究都是处于国际前沿的研究领域，但涉及到极其大量 校“集群”要跟上形势，以逐步满足学校师生越来越大的计算 的计算，特别是分子“光开关型”