一种新的DNA模体发现聚类求精算法.pdfVIP

2O14年 12月 西安电子科技大学学报(自然科学版) Dec．2O14 第 41卷 第 6期 J0URNAL 0F XIDIAN UNIVERSITY V01．41 No．6 一 种新的DNA模体发现聚类求精算法 张 懿璞 (西安 电子科技大学 计算机学院，陕西 西安 710071) 摘要 ：模体发现问题是分析基 因转录调控关系的一个重要方面．提 出了一种新的基于熵 的聚类求精算 法——ECRmotif，用于DNA序列 中的模体发现问题．ECRmotif使用灵活的概率模型从背景序列中鉴别模 体．它首先使用一个基于熵的聚类过程将数据集划分为若干子集，并对各候选子集压缩其实例 的搜索空 间，求精得到模体．通过模拟数据和真实数据 的实验 ，表 明ECRmotif算法可 以有效地提高运行速度和效 率，并准确地找 出模体． 关键词 ：模体发现；聚类；求精