新一代高通量测序Chip－seq数据正规化方法研究.pdfVIP

第4卷 第6期 智 能 计 算 机 与 应 用 V01．4No．6 2014年 l2月 INTELLIGENTCOMPUTERANDAPPUCAT10NS Dec．2014 新一代高通量测序 Chip—seq数据正规化方法研究 张德楠，王亚东 (哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院。哈尔滨 150001) 摘 要：本文针对目前生物信息研究中常见的高通量测序技术Chip—seq数据的正规化问题进行了研究。分析了目前常用的 TMR正规化方法和LOWESS正规化方法中没有考虑到基因组的结构对于生物数据分布的影响这一不足，提出了一种新的基于基 因组功能注释的LOWESS正规化方法。该方法更符合基因组生物学特征，可以根据基因组本身不同的生物学功能的差异，分区 域、分类别进行数据正规化处理，更符合基因组的生物学特征，也具有更高的可靠性。同时可以针对不同研究 目的，依据不同的功 能区域注释信息有针对性的对该区域进行正规化，具有更高的特异性和灵活性以及更低的时间和空间复杂度。 关键词：高通量测序技术Chip—seq；数据的正规化；基因组功能注释；LOWESS正规化方法 中图分类号：TP391．2 文献标识码：A 文章编号：2095—2163(2014)06—0025—04 ResearchonNormalizationMethodofNew GenerationHigh——throughput SequencingChip——seqData ZHANG Denan，W ANG Yadong (SchoolofComputerScienceandTechnology，HarbinInstituteofTechnoloyg，Harbin150001，China) Abstract：Thispaperstudiesthenormalizationmethodsofhigh—throughputsequencingtechnologyChip—seqdataincur- rentbioinformaticsresearch．CurrentnormalizationmethodscommonlybasedTMRorLOWESSdidnottakeintoaccountthe impactofstructuralgenomicsforthedistributionofbiologicaldata．Duetothisanalysis，thepaperproposesanew LOW— ESSnomr alizationmethodbasedonfeaturesofgenomeannotation．，I’l1isapproachconsideringthebiological characteristics ofthegenomedatacanprocesssub—regionalnormalizationaccordingtothedifferentbiological functionsofgenomeitself andhashigherreliability．Atthesslnetime，theproposednewmethodcouldnomr alizecorrespondingregionsaccordingto thedifferentfunctionalannotationfordifferentresearchpurposeswithhigherspecificityandflexibility，aswellaslowertime andspacecomplexity． Keywords：High—throughputSequencingTechnoloyg Chip—seq；Nomr alizationofData；FunctionalAnnotationofGe— nomes；LOWESSNomr alization