华侨大学课件系列：《生物信息学_数据库及查询》02【荐】.pdfVIP

生物信息学 Bioinformatics 生物信息学资源 数据对象 大肠杆菌 线虫 酵母 老鼠 果蝇 常用数据库 核酸序列数据库 国际三大核酸序列数据库： GenBank, EBML, DDBJ RefSeq: The Reference Sequence Database dbEST: Expressed Sequences Tags数据库 UniGene等 蛋白质序列数据库 UniProt Swiss-prot TrEMBL, PIR 基因组数据库: Ensembl 国外重要生物信息中心  美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information)  前身是NIH所属的一个研究所的计算生物学研究 室,1988年独立为NCBI,形式上属于国家医学图书 馆(National Library of Medicine/NLM)  管理着许多著名数据库,如GenBank、Medline 、 dbSNP、COG、OMIM等  提供Entrez 、BLAST等服务  6 Genbank 数据库  1979年开始建设，1982年正式运行  美国国家生物信息中心负责维护  Banson,D.A. et al. (1998) Nucleic Acids Res. 26, 1-7 GenBank数据库的数据来源有三种： 直接来源于测序工作者提交的序列 与其它数据机构协作交换的数据 美国专利局提供的专利数据 /Genbank GenBank中测序最多的20个物种 161.0版，2007 EBI  欧洲生物信息学研究所(European Bioinformatics Institute)  1994年建于英国剑桥,前身是德国海德堡的欧洲分子 生物学实验室的信息服务部门  EBI接收了原来EMBL数据库的管理和维护  是欧洲分子生物学网(EMBnet)的一个特别节点  http://www.ebi.ac.uk/ (主页) EMBL数据库  1980年开始建设，1982年正式运行  欧洲主要的核酸序列收集单位  欧洲生物信息中心（EBI),德国海德堡站点负责维护 EMBL数据库的数据来源有三种： 直接来源于测序工作者提交的序列（Sanger测序中心） 与其它数据机构协作交换的数据 欧洲专利局提供的专利数据 http://www.ebi.ac.uk/embl/ NIG研究中心  日本国立遗传学研究所 of Genetics) 创立于1949年7月1日,属文部省管辖 信息服务始于1984年 维护管理着DDBJ 1987年1月发行DDBJ第一版 http://www.nig.ac.jp DDBJ数据库  日本1984年开始建立，并于1987年正式服务。  亚洲唯一的核酸序列数据库  生物信息学中心和日本国家遗传研究所的DNA数据库 （CIB-DDBJ),共同组建。 DDBJ数据库的数据来源有二种： 90%直接来源于日本研究者提交的序列 与其它数据机构协作交换的数据 http://www.ddbj.nig.ac.jp/ 三大数据库之间的联系 每天这三个数据库作数据同步操作在任何一个 数据库操作(查找、投递数据等)是等效的 核酸数据库数据的增长 RefS