丙肝病毒.doc

丙型肝炎病毒 HCV的核酸类型 HCV是单股正链RNA病毒，归类于黄病毒科中的丙型肝炎病毒属;在发现初期被命名为非甲非乙型肝炎病毒，而后定名为丙型肝炎病毒。HCV基因组中具有高度保守性的5’ 非编码区(5’ untranslated region, 5’ UTR)常被选为HCV RNA定性和定量检测的靶区域;编码区中的非结构蛋白(non-structural protein)区NS3和NS5均为HCV复制所必需，是抗病毒治疗的重要靶位[1]。HCV慢性化率高，是引起肝硬化和肝癌的主要原因之一。HCV感染患者占全球人数的3%，每年有300~400万HCV感染者开始接受治疗[2]。急性感染期过后，约有15%~25%感染者的HCV被宿主免疫系统清除，余下的感染者多转为慢性持续性感染，并且可能进一步发展为肝硬化和肝细胞癌。所以，早期诊断和有效治疗HCV感染对防止不良预后的发生至关重要。本文对HCV基因分型的依据、检测方法的应用、地域性分布规律进行综述，并分别从临床、病毒和宿主基因多态性角度讨论抗病毒治疗的效果。 　　1 HCV基因型 　　1.1 HCV基因型的分子基础 　　HCV基因型的划分是根据其全基因组核苷酸序列的差异进行的，差异超过30%为不同基因型;同型HCV基因组之间差异超过20%，分为不同亚型;同一亚型中HCV的核酸序列的差异可达10% [3]。目前， HCV被分为6种主要基因型和70多种亚型。HCV命名系统较多，为方便HCV基因型及亚型研究，在第二届HCV与相关病毒国际讨论会议上制定了统一的命名系统——Simmonds基因分型系统。按此命名系统[4]，1型包含a~m 13种亚型，2型包含a~r 18种亚型，3型有11种亚型，4型为18个亚型，5型目前只发现1个亚型——a亚型，6型有a~u 21种亚型。也有学者认为，HCV应分为11型，是将6型中的部分亚型定义为7至11型[5]。表1 HCV基因型Simmonds命名HCV基因型 　　1.2 HCV基因分型靶区的选择 　　HCV基因型检测需选择适当的靶区进行PCR扩增，然后进行核酸测序及进化树分析。可选择的靶区域有5’ UTR、NS5B、C和E1区。5’ UTR区是目前最常用的HCV基因分型扩增区，但以其为基础的分型方法尚不能作为“金标准”。因为5’ UTR区不具有其他区域的高度异质性，只能区别2a、2b型，不能区分出2c型;同时，也不能区分6e和1型中的各亚型[6, 7];因此，只能检测到基因型的水平，对亚型的区分需借助其他检测。NS5B区变异较大，是区分亚型的主要区域。所以，以指导治疗为目的的基因分型，扩增5’ UTR区即可满足需要;但进行流行病学调查和亚型检测，则需要扩增NS5B区。 　　1.3 HCV基因分型的方法 　　目前HCV基因分型的方法主要有分子生物学和血清学两大类。在分子生物学分型法中，核苷酸测序法被认为是“金标准”，但由于测序设备的限制，广泛的临床应用存在一定困难;PCR-限制性片段长度多态性(Restriction fragment length polymorphism，RFLP)法利用限制性内切酶可将6种基因型分开，但酶切位点易受到基因变异的影响;线性探针杂交(Line probe hybridization assay, LiPA)法操作较为繁琐，HCV RNA低载量患者的检测效果较差;实时荧光PCR法既可检测主要基因型，同时还能区分1型中的1a、1b两种亚型，但目前尚无法区分其他亚型;此外，还有型特异探针杂交、反向斑点杂交等分型方法[8, 9]。在实际应用中，应根据具体目的选择适当的方法进行基因分型。血清学基因分型主要是检测NS4区和核心区编码的抗原，常用的方法有重组免疫印迹试验(Recombinant Immunoblot Assay，RIBA)和酶免疫试验(Enzyme Immunoassay, EIA)。这两种方法对1、2、3基因型的辨别有96%的一致性，且操作简便。但用于检测HCV基因型特异性抗原的ELISA方法虽可以识别6种基因型，却不能识别亚型[5, 9~11]。因此，血清学分型方法适用于HCV基因型水平的大规模的临床流行病学研究。 　　1.4 HCV基因型的地域分布 　　HCV基因型呈现一定的区域性分布。HCV1、2、3型广泛分布于欧美、澳洲以及东亚：静脉吸毒人群HCV基因型多为1a型，多见于欧美国家;1b型在世界范围内普遍存在，美、欧、中、日等地其流行率超过感染人群的70%; 2c在意大利流行率高;3型在印度半岛、印度尼西亚、中东地区多见。非洲则以4、5、6型为主：4型主要分布在北非及中东地区，5型和6型则分别存在于南非和香港等东南亚地区。在我国大陆以1b、2a型为主，在南方以1b为主，由南到北2a型逐渐增多[8~10, 12,