系统发育分析在古DNA研究中应用.pdfVIP

维普资讯 第43卷 第 5期 吉 林 大 学 学 报 (理 学 版 ) Vo1．43 No．5 2005年9月 JOURNALOFJILINUNIVERSITY (SCIENCEEDITION) Sep 2005 综 合 评 述 系统发育分析在古 DNA研究中的应用 张小雷 ，崔银秋 ，吕慧英。，周 慧 (1．吉林大学 边疆考古中心，长春 130012；2．吉林大学 生命科学学院，长春 130021； 3．吉林大学 计算机科学与技术学院，长春 130012) 摘要：介绍了系统发育分析的基本原理及各种构树方法的统计学基础 ，阐述 了各种分析方法 在古DNA数据分析中的具体应用，并对各种方法的优缺点进行了评价．分析了系统发育分析 的局限性和发展趋势，以及古DNA研究的不断发展对其所提出的问题． 关键词：系统发育分析；古DNA序列；分子进化；系统发育树 中图分类号 ：Q987；Q348 文献标识码 ：A 文章编号 ：1671-5489(2005)05-0696-06 Application ofPhylogeneticAnalysisinAncientDNA Research ZHANGXiao—lei一，CUIYin—qiu一，L0Hui—ying，ZHOUHui (1．CenterofBorderArchaeology，JilinUniversity，Changchun130012，China； 2．CollegeofL Science，JilinUniversity，Changchun130021，China； 3．ColelgeofComputerSceinceandTechnology，JilinUnivers ，Changchun130012，China) Abstract：Thispapersummarizestheprincipalsandstatisticalelementsofphylogeneticanalysis．Thisarticle alsoillustrateshow thevariousphylogeneticanalysismethodsareappliedintheresearchofancientDNA，and evaluatestheiradvantagesanddisadvantagesinactual dataanalyses．Moreover，thelimitationsofphylogenetic analysisarediscussed，aswellasitsdevelopmentaltendency． Keywords：phylogeneticanalysis；ancientDNA sequence；molecularevolution；phylogenetictree 古DNA研究是以分子生物学技术为基础发展起来的一个新兴领域．通过古DNA研究，能够推断 古代生物的谱系、分子演化理论、人类的起源和迁移、动植物的家养和驯化过程，可以研究和探讨考 古点的动植物残骸的精确鉴定、新的定年技术、古气候的变化等一系列重要问题…．古DNA研究打破 了时间的限制，可以直接分析古代材料中的遗传信息，探索生物过去的遗传特性．中国有着极其丰富 的古生物(包括古人类)资源，如何挖掘这些宝贵材料的科学价值，已成为科学界和文化界共同关注的 热点 ． 从古代材料中提取遗传信息，只是古DNA研究的最初步骤 ；对这些遗传信息进行分析和挖掘 ，则 是该研究的一个关键问题． 系统发育分析是古 DNA研究中重要的分析手段，它通过 DNA序列间的差异计算出核苷酸多态 性，并由此构建分子谱系树，推断群体的扩张模式、历史动态，推算群体起源、分歧的大致时间以及群 体的进化速率、基因混合程度 ，甄别古 DNA序列等，并可以给出统计学上的量化结果．它可以从分子 水平上探讨群体进化的规律，并可将这些规律 以直观、形象的方式表现出来．