中南民族大学及研究生生物信息学03第三课数据库检索.ppt

思考题 序列文件的格式有哪些？ 生物学数据库的类别是哪些？ NCBI包含有哪些核酸序列数据库？ EBI包含了哪些蛋白序列数据库？ 三种常用的序列格式 最常用的3种序列格式是FASTA，NBRF/PIR,GDE。 思考题 数据库的检索方式有哪三种？ XRCC1 在Entrez中的检索结果是什么，目前在PubMed中能得到的英文综述有多少？ BLAST的定义，比对类型及特点 Cover caption: Cutaway view of the surface of the N-terminal domain of the XRCC1 single-strand DNA break repair protein with the ribbon diagram of the backbone structure inside. Interactions with DNA and DNA polymerase beta have been mapped by NMR and are indicated in red and blue, respectively. See pages 884-893 and News Views pages 805-806.? 1999, Nature Structural Biology XRCC1 X线修复交联互补组1 (X-ray repair cross complementing 1,XRCC1) 是影响细胞对电离辐射的敏感性的第一个哺乳动物基因。 它在单链修复中起重要作用,作用于BER 途径。XRCC1 通过与多聚ADP 核糖聚合酶(poly (ADP2ribose) polymerase ,PARP) 、DNA 连接酶Ⅲ及DNA 多聚酶β作用,来修复包括氧化应激在内的各种损害引起的DNA 损伤。 人XRCC1 位于人19 号染色体的长臂区(19q13. 2 - 19q13. 3) 。其基因组大小约31. 9kb ,XRCC1核酸编码633 个氨基酸, 相对分子量约69. 5ku。 XRCC1 基因还包括CAAT盒、CREB 位点和一些尚未明确的转 录结合位点,以及N 端区(N-terminal domain ,NTD) 、一个位于中 心的乳腺癌易感蛋白Ⅰ( breast cancer susceptibility protein2 Ⅰ) 区和一个C 端BRCT2 Ⅱ区。 ①最直接的检索方法 ②选择特定的数据库 对于XRCC1 EBI的SRS ①选择数据库 ②输入搜索项 重要补充 两者的比较 何为BLAST？ 为何BLAST？ 何处BLAST？ 如何BLAST？ 何为BLAST? 原文：Basic Local Alignment Search Tool 直译：基本局部排比搜索工具 意译：基于局部序列排比的常用数据库搜索工具 含义：蛋白质和核酸序列数据库搜索软件系统及相关 数据库 用法：以一个或几个蛋白质或核酸序列为检测序列， 搜索蛋白质或核酸序列数据库，寻找与检测序列中一 个或多个片段具有较高相似性的一组序列， 为何BLAST？？ 使用方便、功能齐全 速度快、结果可信 NCBI精心维护、持续开发 配套数据库不断更新 免费服务（NCBI、EBI、TIGR） 免费下载，本地安装 何处BLAST NCBI - National Center for Biotechnology Information (US) EBI - European Bioinfromatics Institute (EU) TIGR - The Genome Institute (US) Sanger - Sanger Institute (UK) UK-CropNet - The UK Crop Plant Bioinformatics Network (UK) WU-BLAST - Washington University (US) BLAST的搜索策略 意译：基于局部序列排比的常用数据库搜索 工具 用法：以一个或几个蛋白质或核酸序列为检 测序列，搜索蛋白质或核酸序列数据库，寻找 与检测序列中一个或多个片段具有较高相似性 的一组序列， 复习： 二进位制与十进位制的转换 (101.101)2=1×22+0×21+ 1×20+1×2-1+0×2-2+1×2-30. Step 4a: Select optional search parameters DBGET (Integrated database retrieval system) http://www.genome.jp/dbget/ 优点：与 Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes