全外显子组测序技术及其在肿瘤研究中的应用.pdfVIP

·员苑圆 · 中国肿瘤外科杂志圆园员员年远月第猿卷第猿期摇 悦澡蚤灶 允 杂怎则早 韵灶糟燥，允怎灶援圆园员员，灾燥造援猿，晕燥援猿 综 述 全外显子组测序技术及其在肿瘤研究中 的应用 陈怡然，摇 吴小华 作者单位：圆园园园猿圆摇 上海，复旦大学附属肿瘤医院妇瘤科 第一作者：陈怡然，女，复旦大学上海医学院临床医学八年制临床博士研究生，耘鄄皂葬蚤造：蚤糟赠糟澡藻灶赠蚤则葬灶岳赠葬澡燥燥援糟燥皂援糟灶 通讯作者：吴小华，男，教授，主任医师，博士研究生导师，研究领域：妇科恶性肿瘤手术及综合治疗与转化型研究 摇 摇 【摘要】摇 全外显子组测序作为新兴技术，相比于全基因组测序，其低成本、高效率的优势使得其在 疾病机制的研究中有相当的应用前景。肿瘤作为多基因复杂疾病，其致病机制，分型、治疗、预后、干细 胞特性等均可能与外显子组的变异存在一定关系。全外显子组测序技术可为肿瘤相关性研究提供新思 路。本文对全外显子组测序的技术路线及其在肿瘤学研究中的应用进行综述。 【关键词】摇 外显子；摇 测序；摇 肿瘤 凿燥蚤：员园援猿怨远怨 躁援蚤泽泽灶援员远苑源原源员猿远援圆园员员援园猿援园员猿 文章编号：员远苑源原源员猿远（圆园员员）园猿原园员苑圆原园源 摇 摇 随着圆园园圆年人类基因组计划的完成，以及其他 员援员摇 全外显子组序列捕获 种类生物全基因组图谱的陆续描绘，发现不同种群 以两种较成熟的方法为例。 间的基因差别仅为员豫，主要表现为外显子的差异。 员援员援员摇 晕蚤皂遭造藻郧藻灶 外显子序列捕获芯片法摇 基因 外显子作为蛋白质的编码区，是阅晕粤 中的重要功能 组阅晕粤被随机打断成片段，随后在 阅晕粤 片段两端 ［员］ 分别连上接头，与定制的序列捕获芯片杂交，去除未 序列，其仅占人类基因组约 员豫 ，但涵盖了与个体 表型相关的大部分功能性变异，与人类约愿缘豫的导 与芯片结合的背景阅晕粤，将经过富集的外显子区域 致疾病的基因突变相关［圆］。全外显子组（藻曾燥皂藻）为 的阅晕粤洗脱并扩增。 人类基因组全部外显子区域的总称，全外显子组测 员援员援圆摇 陨灶鄄杂燥造怎贼蚤燥灶 捕获法摇 所要求的基因起始量 序（憎澡燥造藻鄄藻曾燥皂藻 泽藻择怎藻灶糟蚤灶早）又称为定向外显子组捕 低，能有效地捕获包含未知突变的 阅晕粤。具体步 获（贼葬则早藻贼藻凿 藻曾燥皂藻 糟葬责贼怎则藻），可选择性的对人类基因 ［缘］ 骤 ：（员）基因组阅晕粤 被打断，并组装成测序平台 组的编码区进行测序，从而发现罕见及常见疾病相 特异的文库形式。在捕获之前，对文库的大小进行 ［猿］ 选择，并利用电泳等方法来进行验证。（ 关的异常基因 。目前，全外显子组测序相比于全 圆 ）精选大 基因组测序，其低成本、高效率的优势日益显著。在 小的文库，随后与诱饵共同孵育圆源 澡。（猿）加入链 单基因疾病的应用中，其不仅加快单基因缺陷疾病 酶亲和素标记的磁珠，并通过强磁铁从混合物中钓 的基因确定，在系统地预测疾病相关基因方面亦有 出砸晕粤诱饵鄄阅晕粤 杂合体。（源 ）洗脱磁珠，将砸晕粤 应用。对于复杂疾病如肿瘤、糖尿病等的致病基因 诱饵降解，将得到的目的 阅晕粤 进行常规的扩增和 和易感基因的测定等［源］也有相当的应用前景。本 测序。 文主要对全外显子组测序技术以及目前该技术在肿 以上方法主要通过捕获芯片或溶液型目标富集 瘤研究中的应用等问题进行阐述。 系统完成。捕获芯片作为定向测序的快速有效的方