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鸡SNP多样性的比较研究与群体有效规模的估算【荐】.pdf
HEREDITAS (Beijing) 2007 9 29(9): 1083 ―1088
ISSN 0253-9772 研究报告
DOI: 10.1360/yc-007-1083
SNP
1, 2 2 1, 2 1 1 1
饶友生 , 王樟凤 , 周敏 , 沈栩 , 夏梦娜 , 张细权
1. , 510642
2. , 330029
: 以红色原鸡(Red Jungle Fowl, RJF) 、丝羽乌骨鸡(Taihe silk Chicken, TS) 、隐性白洛克鸡(White Recessive
Rock, WRR)为资源群, 在鸡一号染色体的Contig.060226.1 上选取了一个200 kb 的区域, 比较研究了3 个群体
的SNP (single nucleotide polymorphism)多样性、估算了鸡的初始群体有效规模大小(effective size of population,
Ne) 。红色原鸡、丝羽乌骨鸡、隐性白洛克鸡3 个群体的平均杂合度分别为0.28533 ±0.03475 、0.32926 ±0.03919 、
0.30168 ±0.04038 。显著性检验差异不显著(P=0.23680.05) 。根据Latter 和Nei 的方法对鸡的群体有效规模进
行了估算, 鸡的初始群体有效规模大小为20 000 ～150 000。鸡在驯养的早期阶段经历过严厉的瓶颈效应, 但瓶
颈效应对鸡各品种SNP 的多样性并未产生显著影响。笔者认为, 鸡在驯养的早期阶段群体有效规模足够大, 品
种分化过程中群体迅速扩张, 品种间的广泛杂交(特别是和红色原鸡之间) 以及鸡基因组的高重组率等因素是导
致家鸡和原鸡以及各家鸡品种间SNP 多样性没有显著差别的重要原因。
: 鸡; SNP; 多样性; 群体有效规模
Comparative study of SNP diversity and calculation of the effective
size of population in chicken
1, 2 2 1, 2 1 1
RAO You-Sheng , WANG Zhang-Feng , ZHOU Min , SHEN Xu , XIA Meng-Na
ZHANG Xi-Quan1
1. College of Animal Science, South China Agricultural University, Guangzhou 510642, China;
2. Biotechnology Institute, JiangXi Education College, Nanchang 330029, China
Abstract: A region (200 kb) of Contig. 060226.1 on GGA1 was selected to study the average diversity of Red Jungle Fowl
(RJF), Taihe Silk chicken (TS), and White Recessive Rock (WRR), and estimate the effective population size (Ne) of
chicken. The mean heterozygosities of RJF, TS
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