高效鉴定蛋白二硫键质谱方法.pdfVIP

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2015-07-25 发布于安徽
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高效鉴定蛋白二硫键质谱方法.pdf

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brief communications mapping native disulfide helped pLink-SS correctly identify 1,126 (98.7%) of the 1,141 test spectra that were searched along with other 46,526 HCD spectra bonds at a proteome scale against a database containing 4,000 E. coli proteins and the 72 synthetic peptides (FDR = 5%, Supplementary Fig. 2d). To avoid disulfide scrambling, a serious artifact that readily 7,8 7 Shan Lu1,2,7, Sheng-Bo Fan3,4,7, Bing Yang2,7, occurs at alkaline pH or in the presence of free cysteine , we 2 3,4 3,4 5 digested samples at pH 6.5 with 2 mM N-ethylmaleimide (NEM) Yu-Xin Li , Jia-Ming Meng , Long Wu , Pin Li , 3,4 2 6 5 (Fig. 1a). We also used different proteases, including nonspecific Kun Zhang , Mei-Jun Zhang , Yan Fu , Jincai Luo , proteases, to increase the number of disulfide-bond identifica- 3 3 1,2 Rui-Xiang Sun , Si-Min He Meng-Qiu Dong