- 1、原创力文档(book118)网站文档一经付费(服务费),不意味着购买了该文档的版权,仅供个人/单位学习、研究之用,不得用于商业用途,未经授权,严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等,侵权必究。。
- 2、本站所有内容均由合作方或网友上传,本站不对文档的完整性、权威性及其观点立场正确性做任何保证或承诺!文档内容仅供研究参考,付费前请自行鉴别。如您付费,意味着您自己接受本站规则且自行承担风险,本站不退款、不进行额外附加服务;查看《如何避免下载的几个坑》。如果您已付费下载过本站文档,您可以点击 这里二次下载。
- 3、如文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等,请点击“版权申诉”(推荐),也可以打举报电话:400-050-0827(电话支持时间:9:00-18:30)。
- 4、该文档为VIP文档,如果想要下载,成为VIP会员后,下载免费。
- 5、成为VIP后,下载本文档将扣除1次下载权益。下载后,不支持退款、换文档。如有疑问请联系我们。
- 6、成为VIP后,您将拥有八大权益,权益包括:VIP文档下载权益、阅读免打扰、文档格式转换、高级专利检索、专属身份标志、高级客服、多端互通、版权登记。
- 7、VIP文档为合作方或网友上传,每下载1次, 网站将根据用户上传文档的质量评分、类型等,对文档贡献者给予高额补贴、流量扶持。如果你也想贡献VIP文档。上传文档
查看更多
光密度分析.doc
5光密度分析
本小节的教学目的是引领您了解Image-Pro Plus的光强度校准和分析工具。
在本练习中,您将:
装入一幅凝胶示例图像并以光密度为条件来校准图像的强度标。
从凝胶图像内的像素带获得光密度测量。
建立一个入射光的基线测量。
逆着入射光基线绘制DNA像素带的密度测量。
捕获绘制的屏幕图像。
存储到一个图像文件中以便于其它应用程序导入。
本练习大约需时15分钟。 设置:如果您还未启动Image-Pro Plus,请先启动。当启动了Image-Pro Plus后,您即可按照下述操作步骤进行练习。
Image-Pro设置是否与本教学中对话框上的设置完全相同。如果Image-Pro 5.1中现在还保留有早期练习的一些设置,则Image-Pro 5.1中的设置可能会与本次练习所用到的设置不一致。
装入图像
在本练习中,您将修改Image-Pro Plus的强度标,从而将DNA凝胶示例图像的光强度值表示成光密度值(校准为一个标准的光密度曲线)。本图像是使用CDD照相机在光盒中拍摄的,在样例的后面有UV(紫外线)光源。
1. 从Image-Pro Plus文件夹下Images的文件夹中打开DNA.tif文件。 DNA.tif图像窗口被打开。暗条纹(带)表明存在DNA。
2. 从测量菜单中选择校准次级菜单,然后选择强度命令。
出现强度校准对话框。
3. 点击新建按钮以创建一个新校准。
出现强度曲线并且在名称字段中出现Intensity Cal 0的名称。
名称字段可标识您将要创建的校准值的设置。您可将校设置保存下来,以便您再次需要时可方便地调用。
强度曲线以图解的方式说明了强度标上校准发生变化时的效果。X轴描述的是原始的强度值(如,从图像上读取的值),而y轴则反映了每次校准所发生的变化。 4. 输入UV Light作为新校准的名称。 5. 输入OD作为光密度的单位名称。 6. 点击标准光密度旁的单选按钮。
强度曲线的变化可反映出密度/强度间的关系。
光密度刻度反映了传输材料内光的衰减指数。正如您所看到的,光密度曲线与光强度刻度呈现出的是一个逆向关系。这意味着:
小的光强度值对应大的光密度值。
大的光强度值则对应小的光密度值——例如,像素越暗,则材料越密集。
继续本练习的下一个步骤:指定黑色和入射色阶。
指定黑色和入射色阶
在图像左上角的黑色圆形对象(黑点)是校准标准,将使用它来建立黑色色阶。此对象反映出了当没有光线通过它时,照相机所记录的光强度。当在光盒中用照相机进行拍摄时,在样品上贴了一个实心物体从而创建了此对象。
在左侧的空白区域将用于建立入射级别或白色色阶。此区域反映了不存在材料时所记录的光强度,并且所有可能的光线都通过了照相机。
您现在可输入级别值,或者点击相应的图像按钮以交互式地设置色阶。
1. 点击光强度校准对话框中的选项按钮。
出现光密度校准对话框。
2. 点击黑色色阶组框中的图像按钮。
出现黑色色阶消息框,同时在图像上,光标变成了十字光标。
3. 移动十字光标到左上角处的黑点上。当十字光标的中心位于黑色圆形的中心上时,点击鼠标左键,此时黑色色阶消息框中的读数变为8。
再次出现光密度校准对话框,并且黑色色阶字段的数字变为8。 4.
点击入射色阶组框中的图像按钮。
出现入射色阶消息框。光标变成了十字光标。
5. 移动十字光标到图像左侧的空白区域。点击鼠标左键,同时入射色阶消息框中的读数变为121。
再次出现光密度校准对话框,并且入射色阶字段的数字变为121。
6. 点击确定按钮。
出现强度校准 - dna.tif对话框。密度曲线的两个端点反映了您刚刚输入的黑色和入射色阶。
7. 点击确定按钮。
将关闭强度校准 - dna.tif对话框。
继续本练习的下一个步骤:绘制带密度。
绘制带密度
DNA带的光密度测量,并使用谱线轮廓命令绘制出它的光密度。谱线轮廓可绘制图像上一个直线中每个像素的值。在本练习中,您将要定义一列像素(不是一条单一直线),然后沿着此列的长度绘制“平均”光密度值。
1. 从测量菜单中选择谱线轮廓命令。
出现谱线轮廓 - dna.tif对话框,并且一条预定义的斜线被放置在DNA.tif图像窗口的左上角。
注意:在本练习中,一些示例图像会以图表方式显示轮廓的统计值。在您的计算机中,这些统计可能不会出现。请不要理会这种差别,因为这种差别并不会对本练习的结果产生任何影响。 2. 从谱线轮廓 -dna.tif对话框中,选择报告菜单,然后再选择厚垂线命令。
在图像左上角出现一对预定义线。
3. 再次点击报告菜单,确信选择了强度校准和范围/面积选项。 4. 从报告次级菜单中取消选定全尺寸选项。
图表的Y轴被缩至轮
文档评论(0)