宏基因组分析专题研讨班.doc

宏基因组分析 计算中心生物部以来都以最前沿的、与实践相结合高品质的服务为广大科研工作者提供全面的生物信息课程。 科研工作者在宏基因组样品制备、数据分析基因挖掘的困扰，生物部特推出《宏基因组分析研讨班》专业讲课老师团队与您一起，解决困扰、探讨科研奥秘、拓宽科研思路挖掘科学价值，您报名参加 主办单位：北京市计算中心 ：北京北京市海淀区 培训时间：-19日 9:00-12:00 13:30-16:30 报名截止：2015年 4月17日 日期 授课题目 授课内容 第一天 宏基因学研究的发展和挑战 2、典型的宏基因组研究及应用 3、两种宏基因组研究的策略 4、宏基因组数据分析中的挑战 5、数据分析过程中的编程简介 QIIME在宏基因组分析中的应用（上机操作） 2、单样品物种多样性分析 A）序列聚类OTUs（Operational Taxonomic Units） B）测序深度判定（Rarefaction Curve） C）物种多样性及丰度分析（Relative Abundances） 3、多样品物种多样性分析，包括以下内容： A）多样品OTUs比较（OUT Heatmap、Venn图） B）多样品相似度比对（UPGMA 聚类分析） C）多样品群落构成比较分析（柱状图） D）Weighted PCA（Principal Component Analysis）分析 E）Unweighted PCA分析 F）组间差异显著性分析 第二天上午 基于shotgun测序的宏基因组数据分析技术 WGS测序分析的一般流程 1 流程概览 2 文库构建和测序方式选择 3 质量控制和污染序列去除 4 序列整合和分选 5 NR-BLAST和MEGAN分析 6 序列拼接和基因预测注释 7 循环处理 1 NR/MG-RAST和reference 2 RAPSearch和alignment 3 MEGAN和classification 4 SOAP-denovo和assembly 5 BWA/inGAP和mapping 三、数据统计与结果展示（重点） 1 测序量和拼接效率 2 从比对文件中提取信息 3 物种/功能分类和组成 4 群落结构多样性 5 聚类和相关性 6 其它?? 四、WGS测序分析的典型案例 1 人类微生物组计划-HMP 2 地球微生物组计划-EMP 3 反刍动物胃宏基因组 4 环境病毒组和噬菌体 5 从相关案例看WGS的优势 五、一些工具的操作演示（上机） 第二天下午 宏基因组研究的难点：宏基因组拼接非拼接策略的数据分析 1. 2.基因组拼接组装算法原理和流程 3. 宏基因组拼接的特点及难点 4. 基于非拼接的宏基因组研究策略 5.上机操作，演示SOAPdenovo2, MetaIDBA， SPAdes等软件的使用 【注】：以上课程信息实际上课为准 【讲师团队】 来自计算中心、中国科学院北京生命科学研究院中国地质大学等均在生物信息领域有丰富的工作经验。 参会类型 2015.3.20前 现场缴费 2000元/人 2500元/人 学 生 1500元/人 2000元/人 包括学费、资料费、上机费。培训期间可免费提供工作餐。可协助安排住宿，食宿费用自理。 授课地点：北京北京市海淀区 住宿推荐酒店：如家酒店（北清路永丰基地店），标间209元/天，特惠大床间169元/天，普通大床间 199元/天 【请联系】 张老师 010QQ号：2814500767，邮箱zhangly@bcc.ac.cn 员老师 010 , 邮箱：yuanll@bcc.ac.cn 【付费方式】 现金、支票、银行转账、银行汇款 单位全称：北京市计算中心 账号：0200151819100023937 开户银行： （备注：在汇款明细里加上“生物计算事业部——您的姓名”） 报名回执表 培训班类型：（可多选） □宏基因组分析班 性别 民族： 职称： 身份证号 工作单位： 住宿： 是□；否□ 研究方向： 通讯地址： 邮编： 固定电话： 手机： E-mail: 报名种类： A□ B□ （该选项仅报名生物信息培训班人员填写） 对课程了解情况 ☆☆☆☆☆ 感兴趣的课程： 信息渠道 □中心主页邮件宣传海报单页销售员丁香园生物朋友推荐 发票抬头： 发票内容： 住宿明细 入住时间： 离店时间： 房间类型 □大床间 □标间 □合住 □不合住 □拼房（与其他学员拼标间） 备注： 确定报名后，请将回执表发到上述联系人邮箱里。如在两日内没有收到回复，请电话联系确认。