动物育种中的方差组分分析及统计软件包.pdfVIP

四川草原 2005年第3期 总第112期 SICHUAN CAOYUA N 动物育种 动物育种中的方差组分分析及 统计软件包 1，2 1 杨平贵 ，吴登俊 （ 四川农业大学，四川 雅安 ； 四川省草原研究所，四川 成都 ） 1. 625014 2. 6 11731 摘 要：方差组分估测是分析变异来源和预测育种值的基础，国内外对其进行了大量的研究，对动物育种中方差组 分的估测方法及统计分析软件包作了一个简单的综述。 关键词：方差组分；软件包；动物育种 中图分类号： 文献标识码： 文章编号： ( ) S813.2 A 1006 1932 2005 03 0053 03 方差组分估计是动物育种中的重要部分，它有助于 的简单线性组合，因此即使是对于多个交叉分类它们的 从总的方差中剖分出属于遗传变异的部分，估计数量性 计算是很简单，估计值也是惟一的。这个方法可用于平 状的群体遗传参数 （重复力、遗传力和遗传相关），进 衡资料的任何模型，但有时会出现负的方差组分估计值。 而估计育种值、规划育种方案、预测选择效果及解释数 1.2 Henderson 法 量性状的遗传机制等。多年来，国内外动物遗传育种学 1953年，Henderson在一篇论文中同时提出了三种用 家对方差组分估计进行了大量研究，从早期的经典方差 于不平衡资料的方差组分估计法，分别称之为Henderson 分析法发展到近十年应用混合模型对不均衡资料进行方 方法Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ。Henderson方法Ⅰ仅适用 =I 的随机 差组分分析的许多方法 （盛志廉，1999）。估计方差组 模型，即y=I + i i+e；Henderson 方法Ⅱ只能用于没有 分的方法可以分为四类：（1）ANOVA 法；（2）最小范 固定效应与随机效应的互作或随机效应嵌套在固定效应 数法；（3）基于ML 的方差分析法；（4）贝叶斯法。20 中的模型；Henderson方法Ⅲ也称为配合常量法 （fitting 世纪70年代以前，动物育种中主要利用常规方法进行统 constants），它适用于所有混合模型的方差组分估计。这 计分析，这极大地限制了动物遗传育种的研究。70年代 三个方法实际上都是方差分析法的推广，其基本思路相 以后，由于计算机技术和育种理论的进一步发展，出现 同，即通过使观察值的某些二次型函数与其数学期望相 了一些新的育种统计分析软件包 （Molina et al，1995）。 等，而数学期望是方差组分的线性组合，由此可得到关 其中基于REML 的解决混合模型方程和方差组分估计的 于方差组分的线性方程组，对这一方程组求解就可以得 软件包就有6个，每个软件包都有其特点和应用范围。 到方差组分估计值。不同之处在于二次型函数：在方差 1 方差组分分析 分析中，二次型函数是平方和 （或均方），在方法Ⅰ中， 1.1 ANOVA 法 二次型函数是方差分析中各平方和的类推。方法Ⅲ所用 ANOVA法是由Fisher （1925）最先提出的，对于平 的二次型函数是一组配合模型约化平方和（Reduction in 衡资料的处理，仍然是最理想的方法。家系结构最常考 sums of squares）。由Henderson 三种方法得出的估计值 虑的是父系半同胞。使用ANOVA ，家系成员或组间的协