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开发与应用 计算机与信息技术 ·39·
生物序列的一种启发式拼接算法及实现
康海锋 林和平 张艳芬 邓志超
摘 要 经典序列拼接算法--Needleman-Wunsch 算法随着基因组序列的剧增其内存需求量已严重受到了制约。为了
有效的解决大尺度基因组序列的比对分析，本文在贪心算法的基础上提出一种启发式的最大权通路寻找策略，其实现过程是
选择两个长度较长且交叠罚分很低的结点作种子，求得两种子的最大权路径，在计算路径的权值时就判断路径长度是否小于
目标序列的大致长度，若大于则停止前进，反之则选择新的不属于已有序列的片段作为新的种子进行延伸，直至长度达到目
标序列的长度。实验结果显示，原始序列的样本数并不是越多越好，该启发算法在相似的条件下具有优于贪心算法的性质，
并且它在占用少量内存的情况下可以获得近似于 Needleman-Wunsch 算法结果的最优解。
关键词 序列比对; 序列拼接; 遗传算法; 启发式; 种子
0 引言
1 若干算法
图1贪心算法实例
2 启发式算法
−
2.1 准备工作
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