分子体积的计算.docVIP

谈谈分子体积的计算文/Sobereva 2011-Sep-20 我曾在网上数次看到有人问怎么算分子体积，以及关于Gaussian的volume关键词使用问题，从提问以及很多人的回答上看有不少人对这问题存在错误的认识。本文就来谈谈这个问题。 首先要认识到，分子体积不是一个可观测量，在计算方法上也不可能有唯一的定义，因此“怎么计算分子体积”这个问题本身就是不严格的。 分子体积就是分子表面内部空间的体积，由于分子表面也没有唯一的定义，所以不同的分子表面的定义就会给出不同的分子体积定义。首先看一个简单分子的例子 红色区域是每个原子的范德华球（以原子核为中心，半径为范德华半径的球体）的叠加，这片区域就是分子的范德华体积，其表面也就被称作范德华表面。图中蓝球代表作为探针的溶剂分子（显然溶剂实际形状并不是球形，所以这个蓝球半径是“等效”的，在计算程序中通常是可调参数），让这个蓝球紧贴着分子范德华表面在各处滚一遍，就产生了诸如图中绿色的轨迹，对应的表面叫做Connolly表面，由于溶剂分子不能触及到这个表面内的空间，所以也被叫做solvent-excluded表面，其内部区域的体积就叫做solvent-excluded体积。图中黄色是蓝球滚动时蓝球中心经过的表面，这个表面叫溶剂可及表面（其表面积就是所谓的SASA）。 最常用的体积就是范德华体积。实际上范德华体积也有很多不同定义，上面介绍的原子范