如何找基因全序列.docVIP

利用Pubmed Map viewer查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter） 遗传分子统计 2010-03-24 16:11:24 阅读759 评论0 字号：大中小 下面以大鼠（rattus norvegicus）的结缔组织生长因子（C T G F）为例讲述一下具体的操作步骤 1．打开Map viewer 页面，网址/mapview/index.html在search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。操作完毕如图所示： 2．点击“GO”出现如下页面： 3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图： 说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。尽管你分别点击后，序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。现在普遍采用的是最上面的那个序列，这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的一个序列。我也推荐大家使用这个序列。 4．点击上述三条序列第一条序列（即reference）对应的Genes seq，出现新的页面，页面下方为： 5．点击上图出现的“Download/View Sequence/Evidence ”，即下载查看序列等功能，结果如图所示： 先对上面这张图做点简要的说明，在Sequence Format（序列输出格式）后面是一个下拉式选择菜单，默认的为FASTA 格式，还有一个是GenBank 格式。我推荐大家选择GenBnak格式，因为这个格式提供了很多该基因的信息，而FASTA 格式只有基因序列。 6．在Sequence Format 后选择GenBank，然后点击下面的Display，目的基因的相关信息和序列就出现在眼前了。点击后如图所示（网页较大，只抓取一小部分以作示范）： 在上述打开的网页中，你可以看到基因长度，基因序列，以及这个基因是如何被报道出来的等各种信息。 你会看到: mRNA complement(join(2338..3702, 4082..4293, 4424..4675, 4861..5083, 5171..5454))这代表了从基因的2338 位开始就是转录区了，即我们常说的mRNA 片断，由于内含子的存在，所以mRNA 在DNA 序列上分成了几段。 CDS complement (join(3406..3702,4082..4293,4424..4675,4861..5083,5171.. 5230)) CDS 代表编码序列，即蛋白编码区是从3406开始的（ATG），由于剪接作用所以CDS 区也是不连续的。 说到这里，可能很多朋友都已经明白了promoter 即启动子区域在哪里了。但我还是再唠叨几句：转录起始位点前面是基因的调控区，启动子区没有明显的位置定义，大家也只是猜测它的大体位置，如果你要研究promoter 区的话，建议你选择转录起始位点前的2000个碱基进行研究，一般默认的是这样。当然你如果觉得长度太长不好研究的话，也可以只研究-1000 到0 这一千个碱基，因为一般情况下，启动子区的变异都在这个区域内。 这样大家就可以找到自己的目的基因序列和启动子了，这种方法可能使用的人不是很多，但我个人比较喜欢，因为它最大的优点是可以找到启动子区域和其他调控区域。