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第一章 ?蛋白质的分子结构
1、蛋白质的三维结构称为构象,指的是蛋白质分子中所有原子在三维空间中的排布,并不涉及共价键的断裂和生成所发生的变化。
2、维持和稳定蛋白质高级结构的因素有共价键(二硫键)和次级键,次级键有4种类型,即离子键、氢键、疏水性相互作用和范德瓦力。
3、蛋白质的二级结构是指肽链中局部肽段的构象,它们是完整肽链构象(三级结构)的结构单元,是蛋白质复杂的立体结构的基础,因此二级结构也可以称为构象单元。α螺旋、β折叠是常见的二级结构。
4、一些肽段有形成α螺旋和β折叠两种构象的可能性(或形成势),这类肽段被称为两可肽。
5、两个或几个二级结构单元被连接肽段连接起来,进一步组合成有特殊几何排列的局域立体结构,称为超二级结构。超二级结构的基本组织形式有αα,βαβ和ββ等3类。
6、蛋白质家族:一类蛋白质的一级结构有30%以上同源性,或一级结构同源性很低,但它们的结构和功能相似,它们也属于同一家族。例如球蛋白的氨基酸序列相差很大,但属于同一家族。
超家族:有些蛋白质家族之间,一级结构序列的同源性较低,但在许多情况下,它们的结构和功能存在一定的相似性。这表明它们可能存在共同的进化起源。这些蛋白质家族属于同一超家族。
7、结构域是一个连贯的三维结构,是可互换并且半独立的功能单位,在真核细胞中由一个外显子编码,由至少40个以上多至200个残基构成最小、最紧密也最稳定的结构,作为结构和功能单位,会重复出现在同一蛋白质或不同蛋白质中。
8、蛋白质一级结构所提供的信息有哪些?
①同源蛋白质的物种差异与生物进化。不同物种之间可变残基差异的数目可提供物种之间亲源关系远近的信息。
②可以从一级结构推测出蛋白质的高级结构。
③在蛋白质数据库中,可根据某种蛋白质或其肽段的一级结构对数据库进行同源性搜索,与已知蛋白质进行序列比较。
④在搜索功能上可能无关的蛋白质中发现有相关的同源性序列,揭示了一些蛋白质还可能具有未被认识的新功能。
9、α-螺旋、β-折叠各自的特点?
①α-螺旋的特点:◆蛋白质多肽链像螺旋状盘曲,每隔3.6个氨基酸残基沿中心轴螺旋上升一圈,每上升一圈沿螺旋轴方向上升0.54nm,即每个氨基酸残基向上升高0.15nm,每个氨基酸残基沿中心轴旋转100°。◆α-螺旋的稳定性是靠链内氢键维持的,相邻的螺圈之间形成链内氢键,氢键的取向几乎与中心轴平行。氢键是由每个氨基酸残基的N-H与前面隔3个氨基酸的C=O形成的,肽链上所有的肽键都参与了氢键的形成,因此α-螺旋相当稳定。◆α-螺旋中氨基酸残基的侧链伸向外侧。α-螺旋有左手螺旋和右手螺旋两种,但天然蛋白质的α-螺旋,绝大多数为右手螺旋。
②β-折叠的特点:◆由两条或多条几乎完全伸展的肽链平行排列,通过链间氢键交联而形成。肽链的主链呈锯齿状折叠现象,α-碳原子总是处于折叠的角上,氨基酸的R基团交替分布在片层的两侧。◆β-折叠结构的氢键主要是由两条肽链之间形成;也可以在同一肽链的不同部分之间形成。几乎所有肽键都参与链内氢键的交联,氢键与链的长轴接近垂直。◆β-折叠有两种类型:一为平行式,即所有肽链的N-端都在同一边,另一为反平行式。
第二章? 核酸的结构
1、DNA是由脱氧核糖核苷酸组成的长链多聚物,是遗传物质。具有下列基本特性:
①具有稳定的结构,能进行复制,特定的结构能传递给子代;
②携带生命的遗传信息,以决定生命的产生、生长和发育;
③能产生遗传的变异,使进化永不枯竭。
2、DNA链的方向总是理解为从5’—P端到3’—OH端。DNA的一级结构实际上就是DNA分子内碱基的排列顺序。
3、DNA是双螺旋结构:主链由脱氧核糖和磷酸基团以3’,5’—磷酸二酯键交互连接构成的,在双螺旋的外侧,碱基在内侧,碱基必须配对。一条链绕着另一条链旋转、盘绕,一条链上的嘌呤与另一条链上的嘧啶相互配对,嘌呤与嘧啶以氢键保持在一起。
4、双螺旋DNA熔解成单链的现象称为DNA变性。已经变性的DNA在一定条件下重新恢复双链的过程称为复性。
5、染色质是以双链DNA为骨架,与组蛋白、非组蛋白以及少量的各种RNA等共同组成丝状结构。在染色质中,DNA和组蛋白的组成非常稳定,非组蛋白和RNA随细胞生理状态不同而有变化。
6、常染色质是在细胞间期核内染色体折叠压缩程度较低,处于伸展状态,碱性染性着色较浅而均匀的那些染色质。主要是单一拷贝和中度重复序列。
异染色质是在细胞间期核内染色质压缩程度较高,处于凝集状态,碱性染料着色较深的部分。
7、核小体是构成真核生物染色质的基本结构单位,是DNA和蛋白质构成的紧密结构形式。
8、RNA的种类及其各自的特点?
①RNA分为rRNA,tRNA,mRNA。
②rRNA二级结构为茎状;tRNA二级结构呈三叶草形,三级结构形状像一个倒写L字母;真核细胞mRNA3′端有一段长约200核
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